Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAAGAAGAAGCGCATTCAAACAAGAGAAGAAAAGATATTTATATTAGCAAATGACTGCTTAACCGGTGATCCATCAGTTCATGACCTATCGTTGATTCAGgtgttgcattgtaaaatcattattttttgtagatcaacattcttatatctttgtgattaagtaaactcgatgccacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G07850.1
intron # 18
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G07850.1 (Glycine max), 5'ss of exon 18
lower sequence: LOC_Os02g40450.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 19
AAAGAAGAAGCGCATTCAAACAAGAGAAGAAAAGATATTTATATTAGCAAATGACTGCTTAACCGGTGATCCATCAGTTCATGACCTATCGTTGATTCAGgtg------ttg--cattgtaaaat--cattattttttgtagatcaacattcttatatctttgtgattaagtaaactcgatgccacag
|| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||| || ||||| || || ||   ||| ||||| |||||  | |  |||||       |||  || |  |||||  ||||   ||||||     |   || | | || ||| | |||      | | |||||     
AAGGAAGAAGCGTATTCAAACAAGAGAAGAAAAAATATTTATTCTGGCAAATGATTGTTTAACTGGGGACCCTCTAGTCCATGATCTATCTCTCAACCAGgtaatttgtttgtccagttcaaaataccatttgattttgtcacctattcttttgacatattt-taatttttgcgatttgatgcag---