Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGAGGGGCTATCTCCACATGTACCACTATATAAAGTAACAGAAGGGAATGAACCTTGCTTTTTCACAACATACTTTTCATGGGATCATGCAAAAGCTATGgtatgtaccacaacataaaaatgtccctttttctggtttgttgtcacttctattttctttgagaaaattaattattttcactctttatcttcagctgtaa...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G21350.1
intron # 18
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G21350.1 (Glycine max), 5'ss of exon 18
lower sequence: GRMZM2G047310_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 17
GGAGGGGCTATCTCCACATGTACCACTATATAAAGTAACAGAAGGGAATGAACCTTGCTTTTTCACAACATACTTTTCATGGGATCATGCAAAAGCTATGgtatgtaccacaacataaaaatgtccctttttctggttt-gttgtcacttctattttctttgagaaaatta-attattttcactctttatcttcagctgtaa-
 || |  || |||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| || ||||| ||||  || |||||||| |||||| |  ||||| || ||||||| |   |  | ||    | |   || || || ||| | |||  ||| || ||    || |    ||  | |   | |||| |  | |||   ||     
TGAAGATCTTTCTCCACATGTACCACTATATAAAGTCATGGAAGGGAATGAGCCATGCTTCTTCAAGACGTACTTTTCTTGGGATAACACAAAATCTTTGgtatg-atgtcggc-tatctttctattttattatgcttttgctgtt-cttgtacttgggctgggcttcttgtactcagtccactttggaccttttcctcctta

upper sequence: GLYMA10G21350.1 (Glycine max), 5'ss of exon 18
lower sequence: GRMZM2G081322_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 20
GGAGGGGCTATCTCCACATGTACCACTATATAAAGTAACAGAAGGGAATGAACCTTGCTTTTTCACAACATACTTTTCATGGGATCATGCAAAAGCTATGgtatgtaccacaacataaaaatgtccctttttctggttt-gttgtcacttctattttctttgagaaaattaattattttcactctttatcttcagctgtaa
 || ||  | |||||  |||| || || |||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||  |||||||| || ||||||   |||  | |  |||||||  |    | ||  |  | |   ||||    |||  | | |   |||||  |   ||  |   ||||  |||||  |   |  |  |     | |  
TGAAGGTATTTCTCCTGATGTGCCTCTCTATAAAGTCAATGAAGGGAATGAACCTTGCTTCTTCAGGACATACTTCTCCTGGGATAGCGCACGATCCGTGgtatgctcttatatatttacttctgtattttaaaagttcagcttttcgttctaagtatgttccgtttattaggtatttgtatggtacagatcatattttg-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9565739|gb|BE475248.1|BE475248
EST:     AACCTTGCTTTTTCACAACATACTTTTCATGGGATCATGCAAAAGCTATG                         GTTATGGGGAACTCATTTCAGAAAAAGGTGTCACTACTCTNTGGACTTGGC
genomic: AACCTTGCTTTTTCACAACATACTTTTCATGGGATCATGCAAAAGCTATGgtatgtacca ... tgcaatgcagGTTATGGGGAACTCATTTCAGAAAAAGGTGTCACTACTCTTTGGACTTGGC
EST: gi|24206274|gb|BU965527.1|BU965527
EST:     AACCTTGCTTTTTCACAACATACTTTTCATGGGATCATGCAAAAGCTATG                         GTTATGGGGAACTCATTTCAGAAAAAGGTGTCACTACTCTTTGGACTTGGC
genomic: AACCTTGCTTTTTCACAACATACTTTTCATGGGATCATGCAAAAGCTATGgtatgtacca ... tgcaatgcagGTTATGGGGAACTCATTTCAGAAAAAGGTGTCACTACTCTTTGGACTTGGC
EST: gi|33390214|gb|CA853421.1|CA853421
EST:     AACCTTGCTTTTTCACAACATACTTTTCATGGGATCATGCAAAAGCTATG                         GTTATGGGGAACTCATTTCAGAAAAAGGTGTCACTACTCTTTGGACTTGGC
genomic: AACCTTGCTTTTTCACAACATACTTTTCATGGGATCATGCAAAAGCTATGgtatgtacca ... tgcaatgcagGTTATGGGGAACTCATTTCAGAAAAAGGTGTCACTACTCTTTGGACTTGGC
EST: gi|26048794|gb|CA785247.1|CA785247
EST:     AACCTTGCTTTTTCACCACATACTTTTCATGGGATCATGCAAAAGCTATG                         GGTATGGGGAACTCCTTTCAGAAAAAGGTGTCACTACTC
genomic: AACCTTGCTTTTTCACAACATACTTTTCATGGGATCATGCAAAAGCTATGgtatgtacca ... tgcaatgcagGTTATGGGGAACTCATTTCAGAAAAAGGTGTCACTACTC
EST: gi|208059837|gb|GD859043.1|GD859043
EST:     CCTTTGTCTTTTTCACAACATACTTTTCATGGGATCATGCAAAAGCTATG                         GTTATGGGGAACTCATTTCAGAAAAAGGTGTCACTACTCTTTGGACTTGGC
genomic: CC-TTG-CTTTTTCACAACATACTTTTCATGGGATCATGCAAAAGCTATGgtatgtacca ... tgcaatgcagGTTATGGGGAACTCATTTCAGAAAAAGGTGTCACTACTCTTTGGACTTGGC