Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAATCTTTCTTCAAACAAGCTTCAAGGCTCCATTCCAGTTGAACTTTCACGGATTGGTAATTTGGATACACTgtaagtatgaatgatttaacatgcctccttatatcaatcctctgatttcattctaataaatgtttgatttccag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G05900.1
intron # 18
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208316155|gb|GE117409.1|GE117409
EST:     CAAGGCTCCATTCCAGTTGAACTTTCACGGATTGGTAATTTGGATACACT                         GGATATATCAAATAATAATATAATTGGTTCTATTCCTTCTTCCATTGGTGA
genomic: CAAGGCTCCATTCCAGTTGAACTTTCACGGATTGGTAATTTGGATACACTgtaagtatga ... tgatttccagGGATATATCAAATAATAATATAATTGGTTCTATTCCTTCTTCCATTGGTGA
EST: gi|193532525|gb|FK489727.1|FK489727
EST:     CAAGGCTCCATTCCAGTTGAACTTTCACGGATTGGTAATTTGGATACACT                         GGATATATCAAATAA
genomic: CAAGGCTCCATTCCAGTTGAACTTTCACGGATTGGTAATTTGGATACACTgtaagtatga ... tgatttccagGGATATATCAAATAA
EST: gi|192296635|gb|FG991203.1|FG991203
EST:     CAAGGCTCCATTCCAGTTGAACTTTCACGGATTGGTAATTTGGATACACT                         GGATATATCAAATAATAATATAATTGGTTCTATTCCTTCTTCCATTGGTGA
genomic: CAAGGCTCCATTCCAGTTGAACTTTCACGGATTGGTAATTTGGATACACTgtaagtatga ... tgatttccagGGATATATCAAATAATAATATAATTGGTTCTATTCCTTCTTCCATTGGTGA
EST: gi|193608922|gb|FK566084.1|FK566084
EST:     CAAGGCTCCATTCCAGTTGAACTTTCACGGATTGGTAATTTGGATACACT                         GGATATATCAAATAATAATATAATTGGTTCTATTCCTTCTTCCATTGGTGA
genomic: CAAGGCTCCATTCCAGTTGAACTTTCACGGATTGGTAATTTGGATACACTgtaagtatga ... tgatttccagGGATATATCAAATAATAATATAATTGGTTCTATTCCTTCTTCCATTGGTGA