Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCACCACTTCAAGCAGTTGGGGATGGATCTTTTCAATCTGGATTTAAGCCTTGGCAAAAGCTTAAACCTTCTATTGAAATATTGTGCAACAACCAGGCAAgtaatatgttgtctacttgtgcatatagcatggttttctagatgctgagattgagcaagttcatgctttatttttctatagttggtttacttttcaatgt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G42990.1
intron # 17
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G42990.1 (Glycine max), 5'ss of exon 17
lower sequence: Vv14s0030g01350.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 17
-TCACCACTTCAAGCAGTTGG---GGATGGATCTTTTCAATCTGGATTTAAGCCTTGGCAAAAGCTTAAACCTTCTATTGAAATATTGTGCAACAACCAGGCAAgt-aatatgttgtctacttgtgcatatagcatggttttctagatgctgagattgagcaagttcatgctttatttttctatagttggtttacttttcaatgt
 ||||  | |  ||| |||||    |||||||| ||    ||||| || |||||||||||||||||||| || || || || || |||||||| ||||||||||||  ||||  | |  |   ||  | ||   |  | |   |  |   |  | |  ||||   |       |||    ||| |  |  | | ||| |  |   
GTCACAGCATTCAGCGGTTGGTGGAGATGGATCCTTCAGGTCTGGGTTGAAGCCTTGGCAAAAGCTTAAGCCCTCAATAGAGATCTTGTGCAATAACCAGgcaagttgatatact-tggatgagtata-atgttactgatccattcaccttttgttaaagcagtatttcaaactatgaa-ctacaactt-tgtgcttcttgaaa-