Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCACAGTGAATGGATAACTGATGTTCGATTTTGTCCAAGCATGTTGCGTGTTGCTACATCCTCAGCAGACAAAACTGTTAGGGTTTGGGATGTTGATAATgtaagtcatgattataattggttaaattcaattctcttttttcaaagttcagttaatttgatttaataaagaagttgagaattttcttatgatgtacaat...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G12900.1
intron # 17
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G12900.1 (Glycine max), 5'ss of exon 17
lower sequence: GRMZM2G425377_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
GCACAGTGAATGGATAACTGATGTTCGATTTTGTCCAAGCATGTTGCGTGTTGCTACATCCTCAGCAGACAAAACTGTTAGGGTTTGGGATGTTGATAATgtaagtcatgattataattggttaaattcaattctcttttttcaaagttcagttaatttgatttaataaagaagttgagaattttcttatgatgtacaat
||||         || ||||||||| ||||| | ||||||||||  ||  |||||||||||||    |||||||||||  ||||||||||||  ||||||||| | | |     | ||| |||           |  |   |||    ||    |  | |    || |   | ||  |  ||| | |  | | || ||  
GCACTCGTTTCTTATCACTGATGTTAGATTTAGCCCAAGCATGTCACGCCTTGCTACATCCTCCTTTGACAAAACTGTGCGGGTTTGGGATGCAGATAATgtatgccct-----tcattagttt--cctggcaatactgcatcaggtgtcccacagctcgg---aacactaatgtcta--attgtttctttacgtgcag-

upper sequence: GLYMA17G12900.1 (Glycine max), 5'ss of exon 17
lower sequence: Vv11s0016g04550.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 14
GCACAGTGAATGGATAACTGATGTTCGATTTTGTCCAAGCATGTTGCGTGTTGCTACATCCTCAGCAGACAAAACTGTTAGGGTTTGGGATGTTGATAATgtaagt---catgat----tataattggttaaattcaattctcttttttcaaagttcagttaatttgatttaataaagaagttgagaattttcttatgatgtacaat
 ||   | ||  ||| || ||| | || ||  |||||||||||  |||  |||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||   |||| |    | |   ||||| || |  ||  | ||||  | |       ||  ||| | ||| | ||    |||     |    |  |         
ACATTCTCAAATGATTACGGATATCCGTTTCAGTCCAAGCATGCCGCGACTTGCAACATCTTCAGCTGACAAAACTGTCAGGGTTTGGGATGTTGATAACgttagtaaacatgctgcctttttcatggttcaacttgatattgttttcactagtactcatttctttaaattagtcaatggattggatcatgcactgggtc-------