Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGCTGATGCTATATTGGCCAATGGCATGTTCAGTCATTATGATTGCCCACGTATTGGACAACTATGTGAAAAGGCGGGCCTGTTCATACGGGCTCTTCAGgttctttgcttcttaagttctgatgactgtataatgttctctttttagaatatttcttgaaccttgtctgtgtattgtgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G06720.1
intron # 17
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G06720.1 (Glycine max), 5'ss of exon 17
lower sequence: GRMZM2G430947_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
-----------------------------------TGCTGATGCTATATTGGCCAATGGCATGTTCAGTCATTATGATTGCCCACGTATTGGACAACTATGTGAAAAGGCGGGCCTGTTCATACGGGCTCTTCAGgttctttgcttcttaagttctgatgactgtataatgttctctttttagaatatttcttgaaccttgtctgtgtattgtgcag
                                   || |||||| ||  | || ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||   | || ||||||||||| ||  ||| | | || |                                                                                          
GTTTTGGAGATAAACTTAGTGACTTACCCAAATGTTGTTGATGCCATTCTTGCTAATGgtatgttcagtcattatgatcgccctcgtattgcttagctgtgtgaaaaggctgggttgtacttgcgag------------------------------------------------------------------------------------------

upper sequence: GLYMA11G06720.1 (Glycine max), 5'ss of exon 17
lower sequence: Vv06s0004g06860.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 17
TGCTGATGCTATATTGGCCAATGGCATGTTCAGTCATTATGATTGCCCACGTATTGGACAACTATGTGAAAAGGCGGGCCTGTTCATACGGGCTCTTCAGgt-tctttgcttcttaagttctgatgactgtataatgttctct---ttttagaatatttcttgaacc---ttgtctgtgtattgtgcag
 || ||||||||||| || ||||| ||||| ||||| |||||| |||||||||||| ||| || |||||||| || || || |   | || || |||||||| |  | | |||| |   ||||||   || |   | ||         || || | ||||||| |     |  |   | | || |||||
CGCAGATGCTATATTAGCTAATGGTATGTTTAGTCACTATGATCGCCCACGTATTGCACAGCTCTGTGAAAAAGCTGGTCTTTATGTGCGAGCCCTTCAGgtataatggtttctcactatctgattgatgaactttatttcacagacctttgattgtttcttggattaaatgattcatctcttatgcag