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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGATGGCACTTTGATTTCTGTGGAACGCCTTGAATATCATGTTAGGGAAGAATTGAACAAAACAGCTTCTCGTGCAATGGTTGTCCTACATCCACTCAAGgtatatttgtttgtgttctttctacagtatactgttctgacttaattagctaagacttattaattttgtcttgtaag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G41920.1
intron # 17
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|17401220|gb|BM178002.1|BM178002
EST:     AATTGAACAAAACAGCTTCTCGTGCAATGGTTGTCCTACATCCACTCAAG                         GTTGTTATTACTAATCTTGAAGCCAACTCAGTAATTGAGGTTGATGCAAAG
genomic: AATTGAACAAAACAGCTTCTCGTGCAATGGTTGTCCTACATCCACTCAAGgtatatttgt ... gtcttgtaagGTTGTTATTACTAATCTTGAAGCCAACTCAGTAATTGAGGTTGATGCAAAG
EST: gi|20812918|gb|BQ297396.1|BQ297396
EST:     CTCGTGCAATGGTTGTCCTACATCCACTCAAG                         GTTGTCATTACTAATCTTGAAGCCAACTCAGCAATTGAGGTTGATGCAAAG
genomic: CTCGTGCAATGGTTGTCCTACATCCACTCAAGgtatatttgt ... gtcttgtaagGTTGTTATTACTAATCTTGAAGCCAACTCAGTAATTGAGGTTGATGCAAAG
EST: gi|193469471|gb|FK436335.1|FK436335
EST:     AATTGAACAAAACAGCTTCTCGTGCAATGGTTGTCCTACATCCACTCAAG                         GTTGTTATTACTAATCTTGAAGCCAACTCAGTAATTGAGGTTGATGCAAAG
genomic: AATTGAACAAAACAGCTTCTCGTGCAATGGTTGTCCTACATCCACTCAAGgtatatttgt ... gtcttgtaagGTTGTTATTACTAATCTTGAAGCCAACTCAGTAATTGAGGTTGATGCAAAG
EST: gi|19346023|gb|BM890903.1|BM890903
EST:     AATTGAACAAAACAGCTTCTCGTGCAATGGTTGTCCTACATCCACTCAAG                         GTTGTTATTACTAATCTTGAAGCCAACTCAGTAATTGAGGTTGATGCAAAG
genomic: AATTGAACAAAACAGCTTCTCGTGCAATGGTTGTCCTACATCCACTCAAGgtatatttgt ... gtcttgtaagGTTGTTATTACTAATCTTGAAGCCAACTCAGTAATTGAGGTTGATGCAAAG
EST: gi|16995857|gb|BM085229.1|BM085229
EST:     AATTGAACAAAACAGCACCTCGTGCAATGGTTGTCCTACATCCACTCAAG                         GTTGTCATTACTAATCTTGAAGCCAACTCAGCAATTGAGGTTGATGCAAAG
genomic: AATTGAACAAAACAGCTTCTCGTGCAATGGTTGTCCTACATCCACTCAAGgtatatttgt ... gtcttgtaagGTTGTTATTACTAATCTTGAAGCCAACTCAGTAATTGAGGTTGATGCAAAG
EST: gi|298164021|gb|HO013666.1|HO013666
EST:     AATTGAACAAAACAGCACCTCGTGCAATGGTTGTCCTACATCCACTCAAG                         GTTGTCATTACTAATCTTGAAGCCAACTCAGCAATTGAGGTTGATGCAAAG
genomic: AATTGAACAAAACAGCTTCTCGTGCAATGGTTGTCCTACATCCACTCAAGgtatatttgt ... gtcttgtaagGTTGTTATTACTAATCTTGAAGCCAACTCAGTAATTGAGGTTGATGCAAAG
EST: gi|17401215|gb|BM177997.1|BM177997
EST:     AATTGAACAAAACAGCTTCTCGTGCAATGGTTGTCCTACATCCACTCAAG                         GTTGTTATTACTAATCTTGAAGCCAACTCAGTAATTGAGGTTGATGCAAAG
genomic: AATTGAACAAAACAGCTTCTCGTGCAATGGTTGTCCTACATCCACTCAAGgtatatttgt ... gtcttgtaagGTTGTTATTACTAATCTTGAAGCCAACTCAGTAATTGAGGTTGATGCAAAG