Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTGTGGGCAAGGATGCTTTAGCTGAAGGAGATAAGATCACCTTAGAAACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACCgtaagggaccttgtaattggttaacttctttaatatgtattatattattgtttttatttgttcttatgttggtacctttttgtgtggctgtgatag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G23990.1
intron # 17
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G23990.1 (Glycine max), 5'ss of exon 17
lower sequence: AT1G78900.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 17
CTTGTGGGCAAGGATGCTTTAGCTGAAGGAGATAAGATCACCTTAGAAACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACCgtaagggaccttgtaattggttaacttctttaatatgtattatattattgtttttatttgttcttatgttggtacctttttgtgtgg---ctgtgatag
||||| || || |||||  |||| ||||| || || ||||| || ||||| || ||||| ||||| || ||||| ||||||||||| || |||||||||||||     |||   |   ||   ||   |    |    | | ||  | | |  |   ||| ||   |    | | |||||  ||     | ||| ||
CTTGTAGGAAAAGATGCGCTAGCAGAAGGGGACAAAATCACATTGGAAACAGCTAAGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACCgtaagatttgttg-gctcccttcgttttggtttagtactctctctttctctctcaacgggttattcactcttgaaccttttggatgaattttttgacag

upper sequence: GLYMA08G23990.1 (Glycine max), 5'ss of exon 17
lower sequence: Vv09s0054g00890.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 17
CTTGTGGGCAAGGATGCTTTAGCTGAAGGAGATAAGATCACCTTAGAAACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACCgtaag----ggaccttgtaattggttaacttctttaatatgtattatattattgtttttatt-tgttcttatgttggtacctttttgtgtggctgtgatag-------------------------------------------
||||| || || |||||||||||||||  |||||| || ||  |||| ||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||| ||||| |||||||     ||    ||  ||| || |  | ||     | | | || ||  | |  ||| | | | ||||||||    ||||||| ||  | | |   |                                            
CTTGTCGGAAAAGATGCTTTAGCTGAAACAGATAAAATTACTCTAGAGACTGCAAAGCTTTTGAGGGAAGACTATCTTGCACAAAATGCATTTACCCCgtaagtcccagattaagtttttgattcaaattttcgtcctttttaatttttgtttacttactatttccttatgtt--cccctttttatgctggtctagaaattctttttccacttaatatatgtatctcatgtggctgtgacag

upper sequence: GLYMA08G23990.1 (Glycine max), 5'ss of exon 17
lower sequence: Vv04s0008g02580.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 17
--CTTGTGGGCAAGGATGCTTTAGCTGAAGGAGATAAGATCACCTTAGAAACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACCgtaag-ggaccttgtaattggttaa---cttctttaatatgtattatattat-tgtttttatttgttcttatgttggtacctttttgtgtggctgtgatag
  ||||| || ||||||||||| || |||   ||||| || ||  | || ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||| |||  ||||| ||  || |   |   |||  ||   ||| ||  |   ||||||| |  |||| ||  | |    ||||| |    |  || || 
AGCTTGTTGGAAAGGATGCTTTGGCAGAAACGGATAAAATTACACTGGAGACTGCAAAGCTCTTGAGGGAGGACTATCTTGCTCAAAATGCTTTCACACCgtaagtggaaattgtacttaatttagaccccgtttggtagtgattctaaaaagcgtttttaatatttctaatacttgataatttttatcattcaatggta-

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298182032|gb|HO026207.1|HO026207
EST:     ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
genomic: ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACCgtaagggacc ... gctgtgatagATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
EST: gi|192305531|gb|FG998315.1|FG998315
EST:     ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
genomic: ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACCgtaagggacc ... gctgtgatagATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
EST: gi|57575332|gb|CX548307.1|CX548307
EST:     ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
genomic: ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACCgtaagggacc ... gctgtgatagATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
EST: gi|7639458|gb|AW733780.1|AW733780
EST:     ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACC                         ATATGATAAATTTTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
genomic: ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACCgtaagggacc ... gctgtgatagATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
EST: gi|13787440|gb|BG650032.1|BG650032
EST:     ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
genomic: ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACCgtaagggacc ... gctgtgatagATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
EST: gi|58024853|gb|CX711594.1|CX711594
EST:     ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
genomic: ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACCgtaagggacc ... gctgtgatagATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
EST: gi|192324960|gb|FK015411.1|FK015411
EST:     ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACC                         ATATGATAAATTTTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
genomic: ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACCgtaagggacc ... gctgtgatagATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
EST: gi|21676820|gb|BQ629171.1|BQ629171
EST:     ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
genomic: ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACCgtaagggacc ... gctgtgatagATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
EST: gi|207828554|gb|GD800455.1|GD800455
EST:     ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
genomic: ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACCgtaagggacc ... gctgtgatagATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
EST: gi|12691488|gb|BG157824.1|BG157824
EST:     ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
genomic: ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACCgtaagggacc ... gctgtgatagATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
EST: gi|7042485|gb|AW472379.1|AW472379
EST:     ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
genomic: ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACCgtaagggacc ... gctgtgatagATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
EST: gi|209722704|gb|BW657958.1|BW657958
EST:     CTTGCTCAAAATGCCTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
genomic: CTTGCTCAAAATGCCTTTACACCgtaagggacc ... gctgtgatagATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
EST: gi|6951864|gb|AW423932.1|AW423932
EST:     AAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
genomic: AAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACCgtaagggacc ... gctgtgatagATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
EST: gi|58023444|gb|CX710185.1|CX710185
EST:     ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGCCCCTTNTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
genomic: ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACCgtaagggacc ... gctgtgatagATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
EST: gi|6724341|gb|AW308740.1|AW308740
EST:     ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
genomic: ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACCgtaagggacc ... gctgtgatagATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
EST: gi|31561919|gb|CD487757.1|CD487757
EST:     TATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
genomic: TATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACCgtaagggacc ... gctgtgatagATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
EST: gi|192309103|gb|FG999386.1|FG999386
EST:     ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
genomic: ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACCgtaagggacc ... gctgtgatagATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
EST: gi|11274141|gb|BF324509.1|BF324509
EST:     GGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
genomic: GGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACCgtaagggacc ... gctgtgatagATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
EST: gi|298166861|gb|HO010300.1|HO010300
EST:     ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
genomic: ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACCgtaagggacc ... gctgtgatagATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
EST: gi|193417781|gb|FK383375.1|FK383375
EST:     AATGCCTTTACACC                         T
genomic: AATGCCTTTACACCgtaagggacc ... gctgtgatag-
EST: gi|193417781|gb|FK383375.1|FK383375
EST:     AATGCCTTTACACC                         T
genomic: AATGCCTTTACACCgtaagggacc ... gctgtgatag-
EST: gi|26268400|gb|CA819463.1|CA819463
EST:     ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
genomic: ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACCgtaagggacc ... gctgtgatagATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
EST: gi|57575633|gb|CX548608.1|CX548608
EST:     ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT
genomic: ACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACCgtaagggacc ... gctgtgatagATATGACAAATTCTGCCCCTTCTACAAGTCTGTTTGGATGATGCGCAACAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTTGTGGGCAAGGATGCTTTAGCTGAAGGAGATAAGATCACCTTAGAAACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACCgtaagggaccttgtaattggttaacttctttaatatgtattatattattgtttttatttgttcttatgttggtacctttttgtgtggctgtgatag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT