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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGTCTAAGATAAAAGAGGTTGTGCCTCCCATTCTTACCAAGTTAGGCAAGgtattgtttatgtttttatttttcaatatacgtttctatgaagttatttattctatactcactttttttttaatatcgaatggtttatgcttaataaatt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G16770.1
intron # 17
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37995119|gb|CF806708.1|CF806708
EST:     AGAGGTTGTGCCTCCCATTCTTACCAAGTTAGGCAAG                         GTTAAAAATCCATGGCCTAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTGCTACTGAAC
genomic: AGAGGTTGTGCCTCCCATTCTTACCAAGTTAGGCAAGgtattgttta ... aatggtgtagGTTAAAAATCCATGGCCTAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTGCTACTGAAC
EST: gi|213604400|gb|DB983488.1|DB983488
EST:     CTCAAAAGATAAAAGAGGTTGTGCCTCCCATTCGTACCAAGTTAGGCAAG                         GTTAAAAATCCATGGCCTAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTGCTACTGAAC
genomic: GTC-TAAGATAAAAGAGGTTGTGCCTCCCATTCTTACCAAGTTAGGCAAGgtattgttta ... aatggtgtagGTTAAAAATCCATGGCCTAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTGCTACTGAAC
EST: gi|22934201|gb|BU551340.1|BU551340
EST:     AGATAAAAGAGGTTGTGCCTCCCATTCTTACCAAGTTAGGCAAG                         GTTAAAAATCCATGGCCTAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTGCTACTGAAC
genomic: AGATAAAAGAGGTTGTGCCTCCCATTCTTACCAAGTTAGGCAAGgtattgttta ... aatggtgtagGTTAAAAATCCATGGCCTAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTGCTACTGAAC
EST: gi|23057280|gb|BU577954.1|BU577954
EST:     TGTCTAAGATAAAAGAGGTTGTGCCTCCCATTCTTACCAAGTTAGGCAAG                         GTTAAAAATCCATGGCCTAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTGCTACTGAAC
genomic: TGTCTAAGATAAAAGAGGTTGTGCCTCCCATTCTTACCAAGTTAGGCAAGgtattgttta ... aatggtgtagGTTAAAAATCCATGGCCTAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTGCTACTGAAC
EST: gi|31460126|gb|CD402154.1|CD402154
EST:     AGAGGTTGTGCCTCCCATTCTTACCAAGTTAGGCAAG                         GTTAAAAATCCATGGCCTAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTGCTACTGAAC
genomic: AGAGGTTGTGCCTCCCATTCTTACCAAGTTAGGCAAGgtattgttta ... aatggtgtagGTTAAAAATCCATGGCCTAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTGCTACTGAAC
EST: gi|9440345|gb|BE440851.1|BE440851
EST:     TGTCTAAGATAAAAGAGGTTGTGCCTCCCATTCTTACCAAGTTAGGCAAG                         GTTAAAAATCCATGGCCTAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTGCTACTGAAC
genomic: TGTCTAAGATAAAAGAGGTTGTGCCTCCCATTCTTACCAAGTTAGGCAAGgtattgttta ... aatggtgtagGTTAAAAATCCATGGCCTAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTGCTACTGAAC
EST: gi|15287775|gb|BI471666.1|BI471666
EST:     TGTCTAAGATAAAAGAGGTTGTGCCTCCCATTCTTACCAAGTTAGGCAAG                         GTTAAAAATCCATGGCCTAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTGCTACTGAAC
genomic: TGTCTAAGATAAAAGAGGTTGTGCCTCCCATTCTTACCAAGTTAGGCAAGgtattgttta ... aatggtgtagGTTAAAAATCCATGGCCTAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTGCTACTGAAC
EST: gi|21994889|gb|BQ786417.1|BQ786417
EST:     TGTCTAAGATAAAAGAGGTTGTGCCTCCCATTCTTACCAAGTTAGGCAAG                         GTTAAAAATCCATGGCCTAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTGCTACTGAAC
genomic: TGTCTAAGATAAAAGAGGTTGTGCCTCCCATTCTTACCAAGTTAGGCAAGgtattgttta ... aatggtgtagGTTAAAAATCCATGGCCTAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTGCTACTGAAC
EST: gi|15664905|gb|BI702276.1|BI702276
EST:     TGTCTAAGATAAAAGAGGTTGTGCCTCCCATTCTTACCAAGTTAGGCAAG                         GTTAAAAATCCATGGCCTAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTGCTACTGAAC
genomic: TGTCTAAGATAAAAGAGGTTGTGCCTCCCATTCTTACCAAGTTAGGCAAGgtattgttta ... aatggtgtagGTTAAAAATCCATGGCCTAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTGCTACTGAAC
EST: gi|9820752|gb|BE556262.1|BE556262
EST:     ACCAGGTTAGGCAAG                         GTTAAAAATCCATGGCCTAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTGCTACTGAAC
genomic: ACCAAGTTAGGCAAGgtattgttta ... aatggtgtagGTTAAAAATCCATGGCCTAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTGCTACTGAAC
EST: gi|23733765|gb|BU765093.1|BU765093
EST:     TGTCTAAGATAAAAGAGGTTGTGCCTCCCATTCTTACCAAGTTAGGCAAG                         GTTAAAAATCCATGGCCTAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTGCTACTGAAC
genomic: TGTCTAAGATAAAAGAGGTTGTGCCTCCCATTCTTACCAAGTTAGGCAAGgtattgttta ... aatggtgtagGTTAAAAATCCATGGCCTAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTGCTACTGAAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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GTGTCTAAGATAAAAGAGGTTGTGCCTCCCATTCTTACCAAGTTAGGCAAGgtattgtttatgtttttatttttcaatatacgtttctatgaagttatttattctatactcactttttttttaatatcgaatggtttatgcttaataaatt

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