Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTATCTGCACTAGGAGATGTAATATTTGCTCTATCACAGAAGAGTTCACACGTGCCATATAGAAATAGTAAATTGACCCAACTTCTTCAGAGTTCGTTAGgtaattgttgccattattggtatcaatttacagtattgttatatttggtttcatttgtttgcattttgatttaagcatattgcagtcatggcttactaaattgcaatagctttgtccgttgtatatgatag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G37800.1
intron # 17
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G37800.1 (Glycine max), 5'ss of exon 17
lower sequence: Vv02s0025g03480.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 18
CTATCTGCACTAGGAGATGTAATATTTGCTCTATCACAGAAGAGTTCACACGTGCCATATAGAAATAGTAAATTGACCCAACTTCTTCAGAGTTCGTTAGgtaattgt--tgccattattggtatcaatttacagtattgttatatttggtttcatttgtttgcattttga-tttaagcatattgcagtcatggcttactaaattgcaatagctttgtccgttgtatatgatag-------
||||| || || |||||||||||||||||| || |||| |||||| | || |||||||| |||||||| ||| | || ||| | ||||| || || || ||||  | |  | |   | || |  ||   |    | |   |    ||||      |   ||   |||  || ||| |   | | |  || |    || ||    ||   | | ||   |  || | | |  ||        
CTATCAGCTCTTGGAGATGTAATATTTGCTTTAGCACAAAAGAGTCCTCATGTGCCATACAGAAATAGCAAACTAACTCAAGTCCTTCAAAGCTCTTTGGgtacatatccttctggtttttgagtcttgtggttgaaccataccgtttgtcagtgtgctttaagattgggaatttgactttgtagttgttaacattttcttgcctgggcttgtttgaccgtttctttttcctactttatag