Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGCATTTTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAGgtagagtgtatagttatttgtgtttagtattatttatgcatactgttgcaagattaccaatacatgggttccctattcatgactgagaatgagattttctttacataaccatgatag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G27900.1
intron # 17
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G27900.2 (Glycine max), 5'ss of exon 17
lower sequence: Vv01s0010g03300.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 17
ATGCATTTTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAGgtagagtgtatagttatttgtgtttagtattatttatgcatactgttgcaagattaccaatacatgggttccctattcatgactgagaatgagattttctttacataaccatgatag
|||||  ||||| | ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||   |    |   |||| ||||        |||  | ||| ||| | |   |||    |   |||  | || ||  |  ||| || ||    | |  |  ||     |||| |  
ATGCACCTTGATAAGGCACATGGAGCTTATTTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAGgtatgcttctgatacatttttgtt------cctttcaggatattgtagtacatttat---tttgtggcgtaccaatata-aactaagcatacactgtggtccac-----catgtt--
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208165043|gb|GD964991.1|GD964991
EST:     CATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAG                         GTTCAACTTAAATGGAAAGAACTGGAGGATGGACAAAATTATGCTACTCGC
genomic: CATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAGgtagagtgta ... accatgatagGTTCAACTTAAATGGAAAGAACTGGAGGATGGACAAAATTATGCTACTCGC
EST: gi|193301317|gb|FK266420.1|FK266420
EST:     TTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAG                         GTTCAACTTAA
genomic: TTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAGgtagagtgta ... accatgatagGTTCAACTTAA
EST: gi|208219729|gb|GE016655.1|GE016655
EST:     TTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAG                         GTTCAACTTAAATGG
genomic: TTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAGgtagagtgta ... accatgatagGTTCAACTTAAATGG
EST: gi|51334717|gb|CO978583.1|CO978583
EST:     TTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAG                         GTTCAACTTAAATGGAAAGAACTGGAGGATGGACAAAATTATGCTACTCGC
genomic: TTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAGgtagagtgta ... accatgatagGTTCAACTTAAATGGAAAGAACTGGAGGATGGACAAAATTATGCTACTCGC
EST: gi|254323179|gb|GR835787.1|GR835787
EST:     ACTTTGA-TTTGGAAATCATACAGAGAAG                         GTTCAACTTAAATGGAAAGAACTGGAGGATGGACAAAATTATGCTACTCGC
genomic: ACTTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAGgtagagtgta ... accatgatagGTTCAACTTAAATGGAAAGAACTGGAGGATGGACAAAATTATGCTACTCGC
EST: gi|208276012|gb|GE074306.1|GE074306
EST:     TTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAG                         GTTCAACTTAAATGGAAAGAACTGGAGGATGGACAAAATTATGCTACTCGC
genomic: TTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAGgtagagtgta ... accatgatagGTTCAACTTAAATGGAAAGAACTGGAGGATGGACAAAATTATGCTACTCGC
EST: gi|193389910|gb|FK353675.1|FK353675
EST:     TTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAG                         GTTCAACTTAAATGGAAAGAACTGGAGGATGGACAAAATTATGCTACTCGC
genomic: TTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAGgtagagtgta ... accatgatagGTTCAACTTAAATGGAAAGAACTGGAGGATGGACAAAATTATGCTACTCGC