Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGCAGTTTTTATTTGCAACCATGTGAAGGATCTTCAGTCCAGATCCTCACACAAGGGAAGCTAAGTGCCCCACGTATATTAAGAATTCACAAAgtaagtttttatatttatattaattgataattgcattaataatcttcacatgtgttgttaagctggctttggtcatgctttccaacagtattacttgttt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G43070.1
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G43070.1 (Glycine max), 5'ss of exon 16
lower sequence: Vv14s0030g01350.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 16
ATGCAGTTTTTATTTGCAACCATGTGAAGGATCTTCAGTCCAGATCCTCACACAAGGGAAGCTAAGTGCCCCACGTATATTAAGAATTCACAAAgtaagtttttatatttatattaattgataattgcattaataatcttcacatgtgttgttaagctggctttggtcatgctttccaacagtat-tacttgttt-
 ||||| |||||| | ||| |||||||||| ||  | || |||||||| || |||||||| || ||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||| | |||   |    |  |      |    |||  ||  ||    |   |    ||| |    | |  | |    |   ||| ||| |||   
GTGCAGCTTTTATCTACAAGCATGTGAAGGTTCAACTGTTCAGATCCTTACTCAAGGGAAACTGAGTGCACCTCGTATATTGAGAATTCATAAAgtaagtttttct-tttggttctgctagtttggaaaaaggtaaagttttca-acttcacttgtttgggtacaataacacatgtatattttatgtacatgtgca