Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGCACACAATTGCTTCAAATGCCGGAGTTGAGGGTGCTGTTGTTGTTGGTAAACTATTGGAACAGAATGATCCTGATCTTGGATATGATGCAGCCAAAGgtaagggttcttggttgctttttgcggatgtgcttacttctgtcaaaagatatagccatttcattgttattgattctgctgccaattgttttccctgctttgtaatcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G33680.1
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G33680.1 (Glycine max), 5'ss of exon 16
lower sequence: AT3G23990.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 14
GTGCACACAATTGCTTCAAATGCCGGAGTTGAGGGTGCTGTTGTTGTTGGTAAACTATTGGAACAGAATGATCCTGATCTTGGATATGATGCAGCCAAAGgtaagggttcttggttgctttttgcggatgtgcttacttctgtcaaaagatatagccatttcattgttattgattctgctgccaattgttttccctgctttgtaatcag
||  ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||| || || ||||| ||  || | || || || || |||||||| || |||||| ||  |||    |   |  |  |        ||  |       ||   |  |   |  | | |||    ||     ||                             
GTTTACACAATCGCTTCAAATGCTGGAGTTGAAGGTGCTGTTATTGTTGGCAAGCTCTTGGAGCAAGATAACCCAGACCTCGGTTATGATGCTGCTAAAGgtgagt-ttcacaatccatcatcactt-cacttttgttctctctgaagattgcatttagctaactgtgga-gaacaaactag---------------------------

upper sequence: GLYMA10G33680.1 (Glycine max), 5'ss of exon 16
lower sequence: EFJ20894 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 14
GTGCACACAATTGCTTCAAATGCCGGAGTTGAGGGTGCTGTTGTTGTTGGTAAACTATTGGAACAGAATGATCCTGATCTTGGATATGATGCAGCCAAAGgtaagggttcttggttgctttttgcggatgtgcttacttctgtcaaaagatatagccatttcattgttattgattctgctgccaattgttttccctgctttgtaatcag
  | | ||||||||| | ||||||||||| ||||| || || ||||| || || |||| ||||||||||||     |  | || || || || || ||||||  |                  | ||     ||||  | ||| |||   | |       | || ||| ||| ||    |||||                         
ACGTATACAATTGCTGCCAATGCCGGAGTGGAGGGAGCGGTCGTTGTAGGCAAGCTATGGGAACAGAATGACTACAACTTGGGTTACGACGCGGCGAAAGgtgcga----------------cgaggcaaaacttagctttgtgaaagagtctga-----tgatcgttcttggtttg--tgccag------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|16277734|gb|BI942535.1|BI942535
EST:     TAAACTATTGGAACAGAATGATCCTGATCTTGGATATGATGCAGCCAAAG                         GTGAATATGTTGATATGGTTAAAGCTGGAATCATTGATCCATTGAAGGTTA
genomic: TAAACTATTGGAACAGAATGATCCTGATCTTGGATATGATGCAGCCAAAGgtaagggttc ... ttgtaatcagGTGAATATGTTGATATGGTTAAAGCTGGAATCATTGATCCATTGAAGGTTA
EST: gi|16278164|gb|BI942759.1|BI942759
EST:     TAAACTATTGGAACAGAATGATCCTGATCTTGGATATGATGCAGCCAAAG                         GTGAATATGTTGATATGGTTAAAGCTGGAATCATTGATCCATTGAAGGTTA
genomic: TAAACTATTGGAACAGAATGATCCTGATCTTGGATATGATGCAGCCAAAGgtaagggttc ... ttgtaatcagGTGAATATGTTGATATGGTTAAAGCTGGAATCATTGATCCATTGAAGGTTA
EST: gi|16282089|gb|BI944831.1|BI944831
EST:     TAAACTATTGGAACAGAATGATCCTGATCTTGGATATGATGCAGCCAAAG                         GTGAATATGTTGATATGGTTAAAGCTGGAATCATTGATCCATTGAAGGTTA
genomic: TAAACTATTGGAACAGAATGATCCTGATCTTGGATATGATGCAGCCAAAGgtaagggttc ... ttgtaatcagGTGAATATGTTGATATGGTTAAAGCTGGAATCATTGATCCATTGAAGGTTA
EST: gi|17400780|gb|BM177562.1|BM177562
EST:     CAAACTATTGGAACAGAATGATCCTGATCTTGGATATGATGCAGCCAAAG                         GTGAATATGTTGATATGGTTAAAACTGGAATTATTGATCCATTGAAGGTTA
genomic: TAAACTATTGGAACAGAATGATCCTGATCTTGGATATGATGCAGCCAAAGgtaagggttc ... ttgtaatcagGTGAATATGTTGATATGGTTAAAGCTGGAATCATTGATCCATTGAAGGTTA
EST: gi|151399267|gb|EV269138.1|EV269138
EST:     TAAACTATTGGAACAGAATGATCCTGATCTTGGATATGATGCAGCCAAAG                         GTGAATATGTTGATATGGTTAAAGCTGGAATCATTGATCCATTGAAGGTTA
genomic: TAAACTATTGGAACAGAATGATCCTGATCTTGGATATGATGCAGCCAAAGgtaagggttc ... ttgtaatcagGTGAATATGTTGATATGGTTAAAGCTGGAATCATTGATCCATTGAAGGTTA
EST: gi|16276893|gb|BI942097.1|BI942097
EST:     TAAACTATTGGAACAGAATGATCCTGATCTTGGATATGATGCAGCCAAAG                         GTGAATATGTTGATATGGTTAAAGCTGGAATCATTGATCCATTGAAGGTTA
genomic: TAAACTATTGGAACAGAATGATCCTGATCTTGGATATGATGCAGCCAAAGgtaagggttc ... ttgtaatcagGTGAATATGTTGATATGGTTAAAGCTGGAATCATTGATCCATTGAAGGTTA