1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' |
GCGACAATGGCAGCATGTGGTTCTGGGATTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTGgtatgctcttaggatgtttagtaatttgccacttagttctatcatacccacgagattgacaagtataattactctatttgctttcctctttccttgacctccctcctacag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA09G04910.1 |
intron # | 16 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTG GTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTGEST: gi|213591263|gb|DB983005.1|DB983005
genomic: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTGgtatgctctt ... cctcctacagGTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTG
EST: GTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAA-TGTGAAAGCCTG GTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTEST: gi|193518940|gb|FK475783.1|FK475783
genomic: GTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGT-CCAGCCTGgtatgctctt ... cctcctacagGTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACT
EST: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTG GTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTGEST: gi|207802812|gb|GD772681.1|GD772681
genomic: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTGgtatgctctt ... cctcctacagGTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTG
EST: ACAATTGTCCAGCCTG GTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTEST: gi|207817984|gb|GD791919.1|GD791919
genomic: ACAATTGTCCAGCCTGgtatgctctt ... cctcctacagGTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACT
EST: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTG GTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTGEST: gi|21888738|gb|BQ741951.1|BQ741951
genomic: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTGgtatgctctt ... cctcctacagGTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTG
EST: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTG GTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTGEST: gi|213602382|gb|DB980445.1|DB980445
genomic: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTGgtatgctctt ... cctcctacagGTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTG
EST: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGACCAGCCTG GTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTGEST: gi|10236381|gb|BE805269.1|BE805269
genomic: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTGgtatgctctt ... cctcctacagGTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTG
EST: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCTAAACAATTGTCCAGCCTG GTTCATTGGACAGTGAAGCEST: gi|192325743|gb|FK015100.1|FK015100
genomic: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTGgtatgctctt ... cctcctacagGTTCATTGGACAGTGAAGC
EST: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTG GTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTGEST: gi|209725602|gb|BW657982.1|BW657982
genomic: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTGgtatgctctt ... cctcctacagGTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTG
EST: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTG GTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTG
genomic: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTGgtatgctctt ... cctcctacagGTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCGACAATGGCAGCATGTGGTTCTGGGATTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTGgtatgctcttaggatgtttagtaatttgccacttagttctatcatacccacgagattgacaagtataattactctatttgctttcctctttccttgacctccctcctacag
- - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA