Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGCAAAAGTAATTCTTGGGGGTAAAAGACATAGCCTTGGACTTACTTTTTATGAACCCACAGTCATCAGTGATGTCAACAGTGATATGCACATATCAAGgtaaaccttttacgacgttttcttgttttctgatttgcgtctctcattagacttttaagttttgaccagtaactttgacatgatattttaattaatttct...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G17450.1
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G17450.1 (Glycine max), 5'ss of exon 16
lower sequence: Vv19s0085g00870.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 15
GAGCAAAAGTAATTCTTGGGGGTAAAAGACATAGCCTTGGACTTACTTTTTATGAACCCACAGTCATCAGTGATGTCAACAGTGATATGCACATATCAAGgtaaaccttttacgacgttttcttgttttctgatttgcgtctct-cattagacttttaagttttgaccagtaactttgac--atgatattttaattaatttct
|||||||| |  | ||||||||||||||||| |  || ||  | ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||   | ||||  |||||||||||||| | |  || |    |  | ||     |||    | |   ||||  | ||     | |||| ||      |||    |||   ||  ||||  | |  
GAGCAAAACTCCTCCTTGGGGGTAAAAGACACAATCTGGGGATGACTTTTTATGAGCCCACAGTAATCGGTGATGTCAACAACAAGATGCTTATATCAAGgtaaac-tctaccgtccaaatgatattccacaattgaattgttggcattcaatttaggtttgttgaacaagtttgttggtgaatggggttgcaattgttat--