Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATTCCATGGAAATTCTGCGAGCAATTCCGAGATACAGTTTTCCCCTCGCTTTCAGGTGCTCGTATTGTACGCATAGCGACACACCCAAGTGCCATGAGGgtaacttttatattctgctctttcatatggtttaactagattctgccaaagttgttacttatttcttttatttcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G15130.1
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G15130.1 (Glycine max), 5'ss of exon 16
lower sequence: Vv07s0031g01750.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 16
AATTCCATGGAAATTCTGCGAGCAATTCCGAGATACAGTTTTCCCCTCGCTTTCAGGTGCTCGTATTGTACGCATAGCGACACACCCAAGTGCCATGAGGgtaact-tttatattctgc-------------tctttcatatggtttaact--agattctgccaaa--gttgttacttatttcttttatttcag---
||| || ||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||  | |||||||||||||| ||||| || || || || || ||||||||||||||||||| | ||| | |  |||             | |||    | | ||  ||  ||||  ||  |||  ||  |  ||| ||  || |  ||  |   
AATACCTTGGAAATTCTGTGAGCAATTCCAAGACACAGTTTTCCCAACTCTTTCAGGTGCTCGCATTGTTCGAATTGCCACCCATCCAAGTGCCATGAGGgtaattctttgtttcatgcatgctaaattgagttttttgggtagattctctttagatcttgtaaaaaggtcatccctttttctttctccttttgcag