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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGACCCCTGAAGATGCTCGCAAGCTCAACATCCCTCCAGAGTCTGTGAACAGAACTCCATCGGGTGAAACATTTGTTAAATCAAATTTGCAGAAGgtatattgcttgcgcttactatttcactttttcctttagggctctatgctaatttcattttagagtttaatgcttatatgaagttgaggcactgatgtaacgagaataaatttag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G16110.2
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G16110.1 (Glycine max), 5'ss of exon 16
lower sequence: LOC_Os11g08330.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 16
GTGACCCCTGAAGATGCTCGCAAGCTCAACATCCCTCCAGAGTCTGTGAACAGAACTCCATCGGGTGAAACATTTGTTAAATCAAATTTGCAGAAGgtatattgcttgcgcttactatttcactttttcctttagggctctatgctaatttcattttagagtttaatgcttatatgaagttgaggcactgatgtaacgagaataaatttag
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GTCCCCCCTGAGGATGCCCGCAAACTCAACCTGCCTCCAGAAAGTGTCAACAAAACCCCATCTGGTGAAACATTTGTGAAACCAGATGTGCAAAAGgta-atttcttccagacatggtaaaaggtatta-ttaacagcact-tgtt--tcctaaacaagacgacgtctcaaatatcag---------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15337679|gb|BI498335.1|BI498335
EST:     TGAACAGAACTCCATCGGGTGAAACATTTGTTAAATCAAATTTGCAGAAG                         GGAATACTTCCTGAAATACTTGAAGAGCTATTAACAGCCCGTAAAAGGGCA
genomic: TGAACAGAACTCCATCGGGTGAAACATTTGTTAAATCAAATTTGCAGAAGgtatattgct ... ataaatttagGGAATACTTCCTGAAATACTTGAAGAGCTATTAACAGCCCGTAAAAGGGCA