1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' |
GGTTTGAAGACTGGGATGTATTATCTGCGATCACGTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCATgtaataagaattcattgtcatcaatcttccttattcatgtaattatatacattttgatattaaatgtttctattgtgagtgcag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA05G32070.1 |
intron # | 16 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCAT GAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATGEST: gi|58022119|gb|CX708860.1|CX708860
genomic: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCATgtaataagaa ... gtgagtgcagGAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
EST: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCAT GAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGTATGATAATACCAAGATGGCACAGATGEST: gi|31307786|gb|CD392989.1|CD392989
genomic: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCATgtaataagaa ... gtgagtgcagGAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
EST: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCAT GAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATGEST: gi|15812247|gb|BI784522.1|BI784522
genomic: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCATgtaataagaa ... gtgagtgcagGAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
EST: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCAT GAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATGEST: gi|31456826|gb|CD398854.1|CD398854
genomic: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCATgtaataagaa ... gtgagtgcagGAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
EST: ACCTCTATGCTCCCAT GAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATEST: gi|213614996|gb|DB978373.1|DB978373
genomic: ACCTCTATGCT-CCATgtaataagaa ... gtgagtgcagGAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGAT
EST: GTGCCGCAGCCGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCAT GAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATGEST: gi|13791431|gb|BG654022.1|BG654022
genomic: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCATgtaataagaa ... gtgagtgcagGAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
EST: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCAT GAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATGEST: gi|58018661|gb|CX705403.1|CX705403
genomic: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCATgtaataagaa ... gtgagtgcagGAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
EST: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCAT GAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATGEST: gi|208287252|gb|GE084804.1|GE084804
genomic: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCATgtaataagaa ... gtgagtgcagGAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
EST: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCAT GAAAAACCTATGGCAGAGGAAGGGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATGEST: gi|58024594|gb|CX711335.1|CX711335
genomic: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCATgtaataagaa ... gtgagtgcagGAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
EST: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCAT GAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATGEST: gi|192293903|gb|FG986112.1|FG986112
genomic: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCATgtaataagaa ... gtgagtgcagGAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
EST: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCAT GAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATGEST: gi|51335204|gb|CO979070.1|CO979070
genomic: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCATgtaataagaa ... gtgagtgcagGAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
EST: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCAT GAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
genomic: GTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCATgtaataagaa ... gtgagtgcagGAAAAACCTATGGCAGAGGAAGAGGATGATAATACCAAGATGGCACAGATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGTTTGAAGACTGGGATGTATTATCTGCGATCACGTGCCGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACTGTTGATACCTCTATGCTCCATgtaataagaattcattgtcatcaatcttccttattcatgtaattatatacattttgatattaaatgtttctattgtgagtgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG