Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAGgtattgcacctatgctcctcatctccctttatttagagctgttccacaccttgtaatttgtggtggtggtgcatccctgcttggtgatgcagcactggaa...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G27900.1
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193301317|gb|FK266420.1|FK266420
EST:     ATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG                         ATGCATTTTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACA
genomic: ATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAGgtattgcacc ... gtctatacagATGCATTTTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACA
EST: gi|208219729|gb|GE016655.1|GE016655
EST:     CTATTGGATTTTGAGCTACTGAACCAG                         ATGCATTTTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACA
genomic: CTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAGgtattgcacc ... gtctatacagATGCATTTTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACA
EST: gi|51334717|gb|CO978583.1|CO978583
EST:     ATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG                         ATGCATTTTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACA
genomic: ATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAGgtattgcacc ... gtctatacagATGCATTTTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACA
EST: gi|208196940|gb|GE001060.1|GE001060
EST:     ATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG                         ATGCATTTTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACA
genomic: ATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAGgtattgcacc ... gtctatacagATGCATTTTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACA
EST: gi|13480605|gb|BG509948.1|BG509948
EST:     ATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG                         ATGCATTTTGATGATGCATATG
genomic: ATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAGgtattgcacc ... gtctatacagATGCATTTTGATGATGCATATG
EST: gi|208276012|gb|GE074306.1|GE074306
EST:     ATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG                         ATGCATTTTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACA
genomic: ATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAGgtattgcacc ... gtctatacagATGCATTTTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAGgtattgcacctatgctcctcatctccctttatttagagctgttccacaccttgtaatttgtggtggtggtgcatccctgcttggtgatgcagcactggaa

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctccctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccacacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtggtgg