Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGCAGTTTCTATTTGCAACCATGTGAAGGCTCTTCAGTCCAGATCCTCACACAAGGGAAGCTAAGTGCCCCACGTATTTTAAGAATTCACAAAgtaagtttttatatttatattaattgacaattgttattaataattgcattattaatctttacacatgttgttaagctggctttggtcatgctttccaaaa...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G40440.1
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA03G40440.3 (Glycine max), 5'ss of exon 16
lower sequence: Vv14s0030g01350.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 16
ATGCAGTTTCTATTTGCAACCATGTGAAGGCTCTTCAGTCCAGATCCTCACACAAGGGAAGCTAAGTGCCCCACGTATTTTAAGAATTCACAAAgtaagtttttatatttatattaattgacaattgttattaataattgcattattaatctttacacatgttgttaagctggctttggtcatgctttccaaaa-------
 ||||| || ||| | ||| |||||||||| ||  | || |||||||| || |||||||| || ||||| || ||||| || |||||||| ||||||||||||| | ||  |  |  | |       ||   || |  |  | | || | ||| ||   | | | ||   |  |    || ||  |||    |        
GTGCAGCTTTTATCTACAAGCATGTGAAGGTTCAACTGTTCAGATCCTTACTCAAGGGAAACTGAGTGCACCTCGTATATTGAGAATTCATAAAgtaagtttttcttttggttctgctagt------ttggaaaaaggtaaagttttcaacttcacttgtttgggtacaataacacatgt-atattttatgtacatgtgca