Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACTTTTAGAGCACTACAAGGGTAAATGGCCTTTCTGGCTCAGTCCTCGTCAAGCGATTGTATGCCCTGTGTCTGAAAAGTCACAATCTTATGCACTACAGgtacatagctctgaattttaggcttcattctatggtatatttgtcttataactatgatacagatgatgtgtactgcgtaacatgtgaaaacacttttaat...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G03930.1
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA01G03930.1 (Glycine max), 5'ss of exon 16
lower sequence: Vv19s0015g00470.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 17
ACTTTTAGAGCACTACAAGGGTAAATGGCCTTTCTGGCTCAGTCCTCGTCAAGCGATTGTATGCCCTGTGTCTGAAAAGTCACAATCTTATGCACTACAGgtacatagctctgaattttaggcttcattctatggtatatttgtcttataactatgatacagatgatgtgtactgcgtaacatgtgaaaacacttt--taat-----
|||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| || || || ||  | |||||||| ||||||  | ||| || |  ||      || |   ||||  || |    ||||| |||  || |  || | |      |  ||| |   | ||  ||||  | ||     
ACTTTTGGAGCACTACAAGGGGAAATGGCCCTTCTGGCTTAGTCCACGTCAAGCAATTGTTTGCCCTGTGTCAGAGAAATCTCAGCCATATGCACTTCAGgtagtttgctatgtacgtttaa---caattgctggttaatgt---ctataa-tattttatatttggtttcacactctcaactttctagaaatctttactgatgcata

upper sequence: GLYMA01G03930.1 (Glycine max), 5'ss of exon 16
lower sequence: Vv01s0026g00340.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 17
ACTTTTAGAGCACTACAAGGGTAAATGGCCTTTCTGGCTCAGTCCTCGTCAAGCGATTGTATGCCCTGTGTCTGAAAAGTCACAATCTTATGCACTACAGgtacatagctctgaattttaggctt-cattctatggta-tatttgtcttataactatgatacagatgatgtgtactgcgtaacatgtgaaaacactt-ttaat--
|||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || || || ||  | ||||||||  |||||  |    ||| ||   |   |  || | | ||||| | | | |  |||   ||| ||     || |    |||    |   | || |||    |  | ||  
ACTTTTGGAGCACTACAAGGGGAAATGGCCCTTCTGGCTTAGTCCACGTCAGGCGATTGTTTGCCCTGTGTCAGAGAAATCTCAGCCATATGCACTTAAGgta-gttttgctgtatgcaaatttagcaatttctggtaatgtctataatatt-ttataatttgattgct---cactctaaactttctggaaatctatgctgatgc
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10237509|gb|BE806397.1|BE806397
EST:     AAGCGATTGTATGCCCTGTGTCTGAAAAGTCACAATCTTTTGCACTACAT                         GTGCGAGATCAGATCCACCAAGCAGGGTATCACGTTGATGCTGATACAACT
genomic: AAGCGATTGTATGCCCTGTGTCTGAAAAGTCACAATCTTATGCACTACAGgtacatagct ... aattttctagGTGCGAGATCAGATCCACCAAGCAGGGTATCACGTTGATGCTGATACAACT
EST: gi|6666729|gb|AW278188.1|AW278188
EST:     AAGCGATTGTATGCCCTGTGTCTGAAAAGTCACAATCTTATGCACTACAG                         GTGCGAGATCAGATCCACCAAGCAGGGTATCACGTTGATGCTGATACAACT
genomic: AAGCGATTGTATGCCCTGTGTCTGAAAAGTCACAATCTTATGCACTACAGgtacatagct ... aattttctagGTGCGAGATCAGATCCACCAAGCAGGGTATCACGTTGATGCTGATACAACT
EST: gi|193587613|gb|FK542648.1|FK542648
EST:     AAGCGATTGTATGCCCTGTGTCTGAAAAGTCACAATCTTATGCACTACAG                         GTGCGAGATCAGATCCACCAAGCAGGGTATCACGTTGATGCTGATACAACT
genomic: AAGCGATTGTATGCCCTGTGTCTGAAAAGTCACAATCTTATGCACTACAGgtacatagct ... aattttctagGTGCGAGATCAGATCCACCAAGCAGGGTATCACGTTGATGCTGATACAACT
EST: gi|11687646|gb|BF595322.1|BF595322
EST:     AAGCGATTGTATGCCCTGTGTCTGAAAAGTCACAATCTTATGCACTACAG                         GTGCGAGATCAGATCCACCAAGCAGGGTATCACGTTGATGCTGATACAACT
genomic: AAGCGATTGTATGCCCTGTGTCTGAAAAGTCACAATCTTATGCACTACAGgtacatagct ... aattttctagGTGCGAGATCAGATCCACCAAGCAGGGTATCACGTTGATGCTGATACAACT
EST: gi|8402697|gb|BE058331.1|BE058331
EST:     AAGCGATTGTATGCCCTGTGTCTGAAAAGTCACAATCTTATGCACTACAG                         GTGCGAGATCAGATCCACCAAGCAGGGTATCACGTTGATGCTGATACAACT
genomic: AAGCGATTGTATGCCCTGTGTCTGAAAAGTCACAATCTTATGCACTACAGgtacatagct ... aattttctagGTGCGAGATCAGATCCACCAAGCAGGGTATCACGTTGATGCTGATACAACT
EST: gi|24136706|gb|BU927216.1|BU927216
EST:     AAGCGATTGTATGCCCTGTGTCTGAAAAGTCACAATCTTATGCACTACAG                         GTGCGAGATCAGATCCACCAAGCAGGGTATCACGTTGATGCTGATACAACT
genomic: AAGCGATTGTATGCCCTGTGTCTGAAAAGTCACAATCTTATGCACTACAGgtacatagct ... aattttctagGTGCGAGATCAGATCCACCAAGCAGGGTATCACGTTGATGCTGATACAACT
EST: gi|193542339|gb|FK497529.1|FK497529
EST:     AAGCGATTGTATGCCCTGTGTCTGAAAAGTCACAATCTTATGCACTACAG                         GTGCGAGATCAGATCCACCAAGCAGGGTATCACGTTGATGCTGATACAACT
genomic: AAGCGATTGTATGCCCTGTGTCTGAAAAGTCACAATCTTATGCACTACAGgtacatagct ... aattttctagGTGCGAGATCAGATCCACCAAGCAGGGTATCACGTTGATGCTGATACAACT
EST: gi|151406807|gb|EV276622.1|EV276622
EST:     AAGCGATTGTATGCCCTGTGTCTGAAAAGTCACAATCTTATGCACTACAG                         GTGCGAGATCAGATCCACCAAGCAGGGTATCACGTTGATGCTGATACAACT
genomic: AAGCGATTGTATGCCCTGTGTCTGAAAAGTCACAATCTTATGCACTACAGgtacatagct ... aattttctagGTGCGAGATCAGATCCACCAAGCAGGGTATCACGTTGATGCTGATACAACT
EST: gi|207731298|gb|GD708955.1|GD708955
EST:     AAGCGATTGTATGCCCTGTGTCTGAAAAGTCACAATCTTATGCACTACAG                         GTGCGAGATCAGATCCACCAAGCAGGGTATCACGTTGATGCTGATACAACT
genomic: AAGCGATTGTATGCCCTGTGTCTGAAAAGTCACAATCTTATGCACTACAGgtacatagct ... aattttctagGTGCGAGATCAGATCCACCAAGCAGGGTATCACGTTGATGCTGATACAACT