Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATCATACTATTGGTTGTTGCATGCGTTAGGCATTTACCAACCTTATGTGTGGGAGTATTCAAGGTTGAATGTCTCTAACACAGTTATGTCAAAGCGTAAGgtgaagcaacaattttgcacaatgtaataatttgttgagttctattattatgcttatgatttgccattccctaactacatattattctttgttaaag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G25120.1
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G25120.1 (Glycine max), 5'ss of exon 15
lower sequence: AT1G25350.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 15
ATCATACTATTGGTTGTTGCATGCGTTAGGCATTTACCAACCTTATGTGTGGGAGTATTCAAGGTTGAATGTCTCTAACACAGTTATGTCAAAGCGTAAGgtgaagcaacaattttgcacaa-tgt-aataatttgttgagttctattattatgcttatgatt-tgccattccctaactacatattattctttgttaaag
 |||||||||||| |||| ||| |  |  |  | |||   || ||||||||||| |||||| ||||||||||  | ||||| || ||||| ||||||||||||    ||  | |   |     ||| || ||| |||||  ||      ||||||  |  ||  |||   |    |  |   | || |  |||| || ||
TTCATACTATTGGCTGTTACATTCCCTGAGTCTCTACATGCCATATGTGTGGGAATATTCACGGTTGAATGTGACAAACACTGTAATGTCCAAGCGTAAGgtgggttaaatactcaacttgcctgtgaacaatgtgttgtatt------ttatgcagagaatcatgctggttgtaacatgtttcttttcttttgctacag

upper sequence: GLYMA20G25120.1 (Glycine max), 5'ss of exon 15
lower sequence: Vv01s0011g03740.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 15
ATCATACTATTGGTTGTTGCATGCGTTAGGCATTTACCAACCTTATGTGTGGGAGTATTCAAGGTTGAATGTCTCTAACACAGTTATGTCAAAGCGTAAGgtgaagcaaca-attttgcaca-atgta---ataatttgttgagttctattattatgcttatga------tttgccattcccta--actacatattattctttgttaaag
 |||||||| |||||| |  ||||  | ||| |||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  |||   ||||  |||   || |   | |  |||   |  | ||||    ||| |   |      ||| |||||   |   ||||   ||| || |||||     
TTCATACTACTGGTTGATAGATGCACTTGGCCTTTACCAACCTTATGTCTGGGAATACTCACGGTTGAATGTCACTAACACAGTGATGTCAAAGCGTAAGgtgagccaaagtatttaacacttgtgcatgaaaagcttgaaaacatgtattcccttgcatgcaaatgtttttttccattgtttgtgacta-gcattgttgtttgtag---

upper sequence: GLYMA20G25120.1 (Glycine max), 5'ss of exon 15
lower sequence: Vv15s0021g01230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 15
ATCATACTATTGGTTGTTGCATGCGTTAGGCATTTACCAACCTTATGTGTGGGAGTATTCAAGGTTGAATGTCTCTAACACAGTTATGTCAAAGCGTAAGgtgaagcaacaattttgcacaatgtaataatttgttgagttctattattatgcttatgatttgccattccctaactacatattattctttgttaaag
 || ||||| ||||| || |||| ||| ||  ||||||| || |||||||||||||| ||  ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    |     ||| ||| | ||   ||     |  |   | ||   |  || || ||     ||| |  | |   | | ||    ||||  ||
TTCTTACTACTGGTTATTACATGTGTTGGGTCTTTACCATCCCTATGTGTGGGAGTACTCGCGGTTGAATGTCACTAACACAGTGATGTCAAAGCGTAAGgtgagctgatg-cattgaaca-tctatatatgcaaagcttgaaactaagctttttgtgtttatattttcacatattgactctaatgtgctgttgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33389687|gb|CA852894.1|CA852894
EST:     GGGAGTATTCAAGGTTGAATGTCTCTAACACAGTTATGTCAAAGCGTAAG                         CTAAATCGTCTAGTTACAGAGAAGTGGGTTGATGGGTGGGATGATCCTCGT
genomic: GGGAGTATTCAAGGTTGAATGTCTCTAACACAGTTATGTCAAAGCGTAAGgtgaagcaac ... tttgttaaagCTAAATCGTCTAGTTACAGAGAAGTGGGTTGATGGGTGGGATGATCCTCGT
EST: gi|151409608|gb|EV279416.1|EV279416
EST:     GGGAGTATTCAAGGTTGAATGTCTCTAACACAGTTATGTCAAAGCGTAAG                         CTAAATCGTCTAGTTACAGAGAAGTGGGTTGATGGGTGGGGATGATCCTCG
genomic: GGGAGTATTCAAGGTTGAATGTCTCTAACACAGTTATGTCAAAGCGTAAGgtgaagcaac ... tttgttaaagCTAAATCGTCTAGTTACAGAGAAGTGGGTTGATGGGTGGG-ATGATCCTCG
EST: gi|5753691|gb|AI960978.1|AI960978
EST:     GGTTGAATGTCTCTAACACAGTTATGTCAAAGCGTAAG                         CTAAATCGTCTAGTTACAGAGAAGTGGGTTGATGGGTGGGATGATCCTCGT
genomic: GGTTGAATGTCTCTAACACAGTTATGTCAAAGCGTAAGgtgaagcaac ... tttgttaaagCTAAATCGTCTAGTTACAGAGAAGTGGGTTGATGGGTGGGATGATCCTCGT