Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttcttatgattttaccgggaaatttcttttatatatttttcttcattgatttttggtctagccttattgtgcactatgttcttttctgagtagaa...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G30450.1
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254323777|gb|GR836116.1|GR836116
EST:     ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCAC-TTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG                         GTGGAAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTC
genomic: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcgttagGTGG-AACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTC
EST: gi|23733336|gb|BU764862.1|BU764862
EST:     ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG                         GTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
genomic: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcgttagGTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
EST: gi|23725399|gb|BU760653.1|BU760653
EST:     ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG                         GTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
genomic: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcgttagGTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
EST: gi|10253908|gb|BE821723.1|BE821723
EST:     AGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCANNNNTAGGAG                         GTGGAACNNNGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
genomic: AGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcgttagGTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
EST: gi|33390367|gb|CA853562.1|CA853562
EST:     ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG                         GTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
genomic: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcgttagGTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
EST: gi|15285857|gb|BI469748.1|BI469748
EST:     ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG                         GTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
genomic: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcgttagGTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
EST: gi|13312086|gb|BG405737.1|BG405737
EST:     ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG                         GTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
genomic: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcgttagGTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
EST: gi|22523685|gb|BU082496.1|BU082496
EST:     ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG                         GTGGAACCCAGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
genomic: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcgttagGTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
EST: gi|21888837|gb|BQ742050.1|BQ742050
EST:     ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG                         GTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
genomic: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcgttagGTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
EST: gi|13181153|gb|BG352493.1|BG352493
EST:     ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG                         GTGGAACCCCGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
genomic: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcgttagGTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
EST: gi|208156031|gb|GD954535.1|GD954535
EST:     AATGCCAATGATAGGAG                         GTGGAACCCAGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
genomic: AATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcgttagGTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
EST: gi|15285949|gb|BI469840.1|BI469840
EST:     ATGCCAATGATAGGAG                         GTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
genomic: ATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcgttagGTGGAACCCGGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC