Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCGACAAGAAAAAACTGTTATGAAGCTTGTTGTTGATGCTGAGACAGATAAGGTTCTCGGAGCCTCAATGTGTGGGCCTGATGCACCTGAAATTATGCAGgtatcctatttgtttcaccatattgtattgtttagaaacctttgtacattatactttccttttactacatcgttattctggagtaaccttgtattcttta...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G27210.1
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G27210.1 (Glycine max), 5'ss of exon 15
lower sequence: Vv05s0051g00870.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 16
GCGACAAGAAAAAACTGTTATGAAGCTTGTTGTTGATGCTGAGACAGATAAGGTTCTCGGAGCCTCAATGTGTGGGCCTGATGCACCTGAAATTATGCAGgtatcctatttgtttcaccatattgtattgtttagaaacctttgtacattatactttccttttactacatcgttattctggagtaaccttgtattcttta---
 || ||||| || ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||| || || || ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| | |  |   ||    |||   |||| || | || |  || ||   || |       || |  || |  | | | | |  |  |  | | |  ||||   
ACGGCAAGAGAAGACAATTATGAAGCTTCTTGTTGATGCTGAGACAGACAAAGTTCTTGGGGCATCTATGTGCGGGCCAGACGCACCTGAAATTATGCAGgtacctt--tgagtttgtgatacaatatt-ttgataaccacttctagcataaaaggctagttaatcaccttttaactttaggcttgctgtatttattttatca
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193699769|gb|FK641652.1|FK641652
EST:     AGGTTCTCGGAGCCTCAATGTGTGGGCCTGATGCACCTGAAATTATGCAG                         GGTATTGCTGTTGCGTTGAAGTGTGGAGCTACCAAGGCA
genomic: AGGTTCTCGGAGCCTCAATGTGTGGGCCTGATGCACCTGAAATTATGCAGgtatcctatt ... tgatcgatagGGTATTGCTGTTGCGTTGAAGTGTGGAGCTACCAAGGCA
EST: gi|9820553|gb|BE556063.1|BE556063
EST:     AGGTTCTCGGAGCCTCAATGTGTGGGCCTGATGCACCTGAAATTATGCAG                         GGTATTGCTGTTGCGTTGAAGTGTGGAGCTACCAAGGCACAGTTTGATAGC
genomic: AGGTTCTCGGAGCCTCAATGTGTGGGCCTGATGCACCTGAAATTATGCAGgtatcctatt ... tgatcgatagGGTATTGCTGTTGCGTTGAAGTGTGGAGCTACCAAGGCACAGTTTGATAGC
EST: gi|11412011|gb|BF424022.1|BF424022
EST:     AGGTTCTCGGAGCCTCAATGTGTGGACCTGATGCACCTGAAATTATGCAG                         GGTATTGCTGTTGCGTTGAAGTGTGGAGCTACCAAGGCACAGTTTGATAGC
genomic: AGGTTCTCGGAGCCTCAATGTGTGGGCCTGATGCACCTGAAATTATGCAGgtatcctatt ... tgatcgatagGGTATTGCTGTTGCGTTGAAGTGTGGAGCTACCAAGGCACAGTTTGATAGC
EST: gi|15202278|gb|BI425317.1|BI425317
EST:     AGGTTCTCGGAGCCTCAATGTGTGGGCCTGATGCACCTGAAATTATGCAG                         GGTATTGCTGTTGCGTTGAAGTGTGGAGCTACCAAGGCACAGTTTGATAGC
genomic: AGGTTCTCGGAGCCTCAATGTGTGGGCCTGATGCACCTGAAATTATGCAGgtatcctatt ... tgatcgatagGGTATTGCTGTTGCGTTGAAGTGTGGAGCTACCAAGGCACAGTTTGATAGC
EST: gi|254323261|gb|GR840066.1|GR840066
EST:     AGGTTCTCGGAGCCTCAATGTGTGGGCCTGATGCACCTGAAATTATGCAG                         GGTATTGCTGTTGCGTTGAAGTGTGGAGCTACCAAGGCACAGTTTGATAGC
genomic: AGGTTCTCGGAGCCTCAATGTGTGGGCCTGATGCACCTGAAATTATGCAGgtatcctatt ... tgatcgatagGGTATTGCTGTTGCGTTGAAGTGTGGAGCTACCAAGGCACAGTTTGATAGC
EST: gi|17153856|gb|BM143789.1|BM143789
EST:     AGGTTCTCGGAGCCTCAATGTGTGGACCTGATGCACCTGAAATTATGCAG                         GGTATTGCTGTTGCGTTGAAGTGTGGAGCTACCAAGGCACAGTTTGATAGC
genomic: AGGTTCTCGGAGCCTCAATGTGTGGGCCTGATGCACCTGAAATTATGCAGgtatcctatt ... tgatcgatagGGTATTGCTGTTGCGTTGAAGTGTGGAGCTACCAAGGCACAGTTTGATAGC
EST: gi|57575684|gb|CX548659.1|CX548659
EST:     AGGTTCTCGGAGCCTCAATGTGTGGGCCTGATGCACCTGAAATTATGCAG                         GGTATTGCTGTTGCGTTGAAGTGTGGAGCTACCAAGGCACAGTTTGATAGC
genomic: AGGTTCTCGGAGCCTCAATGTGTGGGCCTGATGCACCTGAAATTATGCAGgtatcctatt ... tgatcgatagGGTATTGCTGTTGCGTTGAAGTGTGGAGCTACCAAGGCACAGTTTGATAGC