Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATTGCTTCTGCTGAACGTGATGACATTGCTGTATGTGCTGCGGATTGCCGTCTTACGGCGTTTAAATCAGTTGATGATAGTACAAGATTCTGGATCAAGgtatttttttttttctttcttacaattcttaattgaatatggaaggcttctaatctcaaaaaagctgttttttacaatatatgataatcaaattttgaaa...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G05680.1
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA15G05680.1 (Glycine max), 5'ss of exon 15
lower sequence: Vv12s0055g00710.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 12
AATTGCTTCTGCTGAACGTGATGACATTGCTGTATGTGCTGCGGATTGCCGTCTTACGGCGTTTAAATCAGTTGATGATAGTACAAGATTCTGGATCAAGgtatttttttttttctttcttacaattcttaattgaata--tggaaggcttctaa---tctcaaaaaagctgttttttacaatatatgataatcaaattttgaaa
|||||| |     |||||||||||  |||||||||||||||| ||| | ||||| ||||| |||||||| ||||| |||  |  |||||| ||||| |||||||| | |    ||  | | |  |||  | ||  || |  |  |   ||| ||    |               |||| |||| | ||||||   ||  |  || 
AATTGCCTGCATGGAACGTGATGATGTTGCTGTATGTGCTGCAGATAGTCGTCTAACGGCATTTAAATCTGTTGAAGATTCTCTAAGATTTTGGATTAAGgtattatct---gtcactttgaatatttgtgatgtaagagctacacatcttttagaggttgttttggtctcagcttttgcaatgt-tgataaggtaaaatgaaa-