Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGAATCTATCATCCCAGCACCGGCTGAGgtatgtatatatatatatatatatatatatatatatatatgttttgtttgcctgtttcttgtttccgacaagtattttgttatgtaaatttagcgaccaa...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G00980.1
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10236681|gb|BE805569.1|BE805569
EST:     GGAATCTATCATCCCAGCACCGGCTGAG                         GCAGTATGTAATTAACAAAGCTGAGGATACTCACATTTGATGCTTGGCATG
genomic: GGAATCTATCATCCCAGCACCGGCTGAGgtatgtatat ... tggtttacagGCAGTATGTAATTAACAAAGCTGAGGATACTCACATTTGATGCTTGGCATG
EST: gi|207815553|gb|GD789138.1|GD789138
EST:     GGAATCTATCATCCCAGCACCGGCTGAG                         GCAGTATGTAATTAACAAAGCTGAGGATACTCACATTTGATGCTTGGCATG
genomic: GGAATCTATCATCCCAGCACCGGCTGAGgtatgtatat ... tggtttacagGCAGTATGTAATTAACAAAGCTGAGGATACTCACATTTGATGCTTGGCATG
EST: gi|31472899|gb|CD414927.1|CD414927
EST:     GGAATCTATCATCCCAGCACCGGCTGAG                         GCAGTATGTAATTAACAAAGCTGAGGATACTCACATTTGATGCTTGGCATG
genomic: GGAATCTATCATCCCAGCACCGGCTGAGgtatgtatat ... tggtttacagGCAGTATGTAATTAACAAAGCTGAGGATACTCACATTTGATGCTTGGCATG
EST: gi|51344846|gb|CO985579.1|CO985579
EST:     GGAATCTATCATCCCAGCACCGGCTGAG                         GCAGTATGTAATTAACAAAGCTGAGGATACTCACATTTGATGCTTGGCATG
genomic: GGAATCTATCATCCCAGCACCGGCTGAGgtatgtatat ... tggtttacagGCAGTATGTAATTAACAAAGCTGAGGATACTCACATTTGATGCTTGGCATG
EST: gi|208149082|gb|GD945938.1|GD945938
EST:     GGAATCTATCATCCCAGCACCGGCTGAG                         GCAGTATGTAATTAACAAAGCTGAGGATACTCACATTTGATGCTTGGCATG
genomic: GGAATCTATCATCCCAGCACCGGCTGAGgtatgtatat ... tggtttacagGCAGTATGTAATTAACAAAGCTGAGGATACTCACATTTGATGCTTGGCATG
EST: gi|193687575|gb|FK629234.1|FK629234
EST:     CAAGGGAATCTATTCTATCCCAGCACCGGCTGAG                         GCAGTATGTAATTAACAAAGCTGAGGATACTCACATTTGATGCTTGGCATG
genomic: CAAGGGAATCTA-TC-ATCCCAGCACCGGCTGAGgtatgtatat ... tggtttacagGCAGTATGTAATTAACAAAGCTGAGGATACTCACATTTGATGCTTGGCATG