Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTGTGCTTTTACTTCTGGCTGTTATCTCTGTGCCCTGGATGCTATTGCCAAAACCTTTTATTTTGAAGAAGCAACATGAAGCTgtatgcttacttttgtacttttgatgttttctctttgtttacatgggacttttatctctgttctagttctaatatttatgccactacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G04330.1
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58015179|gb|CX701921.1|CX701921
EST:     CCTGGATGCTATTGCCAAAACCTTTTATTTTGAAGAAGCAACATGAAGCT                         AGGCATGGGGTTGAATCCTATGAACCACTTCAAAGTACAGATGAGAGCTTG
genomic: CCTGGATGCTATTGCCAAAACCTTTTATTTTGAAGAAGCAACATGAAGCTgtatgcttac ... gccactacagAGGCATGGGGTTGAATCCTATGAACCACTTCAAAGTACAGATGAGAGCTTG
EST: gi|193523652|gb|FK479955.1|FK479955
EST:     CCTGGATGCTATTGCCAAAACCTTTTATTTTGAAGAAGCAACATGAAGCT                         AGGCATGGGGTTGAATCCTATGAACCACTTCA
genomic: CCTGGATGCTATTGCCAAAACCTTTTATTTTGAAGAAGCAACATGAAGCTgtatgcttac ... gccactacagAGGCATGGGGTTGAATCCTATGAACCACTTCA
EST: gi|151394145|gb|EV264016.1|EV264016
EST:     CCTGGATGCTATTGCCAAAACCTTTTATTTTGAAGAAGCAACATGAAGCT                         AGGCATGGGGTTGAATCCTATGAACCACTTCAAAGTACAGATGAGAGCTTG
genomic: CCTGGATGCTATTGCCAAAACCTTTTATTTTGAAGAAGCAACATGAAGCTgtatgcttac ... gccactacagAGGCATGGGGTTGAATCCTATGAACCACTTCAAAGTACAGATGAGAGCTTG
EST: gi|58017582|gb|CX704324.1|CX704324
EST:     CCTGGATGCTATTGCCAAAACCTTTTATTTTGAAGAAGCAACATGAAGCT                         AGGCATGGGGTTGAATCCTATGAACCACTTCAAAGTACAGATGAGAGCTTG
genomic: CCTGGATGCTATTGCCAAAACCTTTTATTTTGAAGAAGCAACATGAAGCTgtatgcttac ... gccactacagAGGCATGGGGTTGAATCCTATGAACCACTTCAAAGTACAGATGAGAGCTTG
EST: gi|192300278|gb|FG988785.1|FG988785
EST:     CCCGGATGCTATTGCCAAAACCTTTTATTTTGAAGAAGCAACATGAAGCT                         AGGCATGGGGTTGAATCCTATGAACCACTTCAAAGTACAGATGAGAGCTTG
genomic: CCTGGATGCTATTGCCAAAACCTTTTATTTTGAAGAAGCAACATGAAGCTgtatgcttac ... gccactacagAGGCATGGGGTTGAATCCTATGAACCACTTCAAAGTACAGATGAGAGCTTG
EST: gi|58021456|gb|CX708197.1|CX708197
EST:     CCTGGATGCTATTGCCAAAACCTTTTATTTTGAAGAAGCAACATGAAGCT                         AGGCATGGGGTTGAATCCTATGAACCACTTCAAAGTACAGATGAGAGCTTG
genomic: CCTGGATGCTATTGCCAAAACCTTTTATTTTGAAGAAGCAACATGAAGCTgtatgcttac ... gccactacagAGGCATGGGGTTGAATCCTATGAACCACTTCAAAGTACAGATGAGAGCTTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTTGTGCTTTTACTTCTGGCTGTTATCTCTGTGCCCTGGATGCTATTGCCAAAACCTTTTATTTTGAAGAAGCAACATGAAGCTgtatgcttacttttgtacttttgatgttttctctttgtttacatgggacttttatctctgttctagttctaatatttatgccactacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGC