Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATCATACTATTGGTTGTTGCATGCGTTAAGCATTTACCAACCTTATGTATGGGAGTATTCAAGGTTGAATGTCTCTAACACAGTTATGTCAAAGCGTAAGgtgaagcaacaattttgcacaatgtaataatttgttgagttctattattatgcttacaatttgccattccctaactacatattattctttgttaaag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G41920.1
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G41920.2 (Glycine max), 5'ss of exon 15
lower sequence: Vv01s0011g03740.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 15
ATCATACTATTGGTTGTTGCATGCGTTAAGCATTTACCAACCTTATGTATGGGAGTATTCAAGGTTGAATGTCTCTAACACAGTTATGTCAAAGCGTAAGgtgaagcaaca-attttgcaca-atgta---ataatttgttgagttctattattatgcttacaa------tttgccattcccta--actacatattattctttgttaaag
 |||||||| |||||| |  ||||  |  || |||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  |||   ||||  |||   || |   | |  |||   |  | ||||    ||| | |||      ||| |||||   |   ||||   ||| || |||||     
TTCATACTACTGGTTGATAGATGCACTTGGCCTTTACCAACCTTATGTCTGGGAATACTCACGGTTGAATGTCACTAACACAGTGATGTCAAAGCGTAAGgtgagccaaagtatttaacacttgtgcatgaaaagcttgaaaacatgtattcccttgcatgcaaatgtttttttccattgtttgtgacta-gcattgttgtttgtag---

upper sequence: GLYMA10G41920.2 (Glycine max), 5'ss of exon 15
lower sequence: Vv15s0021g01230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 15
ATCATACTATTGGTTGTTGCATGCGTTAAGCATTTACCAACCTTATGTATGGGAGTATTCAAGGTTGAATGTCTCTAACACAGTTATGTCAAAGCGTAAGgtgaagcaaca-attttgca-caatgtaataatttgttgagttcta--ttattatgcttacaatttgccattccctaactacatattattctttgttaaag
 || ||||| ||||| || |||| |||  |  ||||||| || ||||| |||||||| ||  ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    |   |||   || | || ||   |    ||||     |  || || || ||| | |||  |||      | |   | | ||    ||||  ||
TTCTTACTACTGGTTATTACATGTGTTGGGTCTTTACCATCCCTATGTGTGGGAGTACTCGCGGTTGAATGTCACTAACACAGTGATGTCAAAGCGTAAGgtgagctgatgcattgaacatctatatatgcaaagcttgaaactaagctttttgtgtttatattttcacat------attgactctaatgtgctgttgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31561586|gb|CD487424.1|CD487424
EST:     GGGAGTATTCAAGGTTGAATGTCTCTAACACAGTTATGTCAAAGCGTAAG                         CTAAATCGTCTAGTTACAGAGAAGTGGGTTGATGGGTGGGATGATCCTCGT
genomic: GGGAGTATTCAAGGTTGAATGTCTCTAACACAGTTATGTCAAAGCGTAAGgtgaagcaac ... tttgttaaagCTAAATCGTCTAGTTACAGAGAAGTGGGTTGATGGGTGGGATGATCCTCGT
EST: gi|16995857|gb|BM085229.1|BM085229
EST:     GGGAGTATTCAAGGTTGAATGTCTCTAACACAGTTATGTCAAAGCGTAAG                         CTAAATCGTCTAGTTACAGAGAAGTGGGTTGATGGGTGGGATGATCCTCGT
genomic: GGGAGTATTCAAGGTTGAATGTCTCTAACACAGTTATGTCAAAGCGTAAGgtgaagcaac ... tttgttaaagCTAAATCGTCTAGTTACAGAGAAGTGGGTTGATGGGTGGGATGATCCTCGT
EST: gi|254327577|gb|GR837186.1|GR837186
EST:     GGGAGTATTCAAGGTTGAATGTCTCTAACACAGTTATGTCAAAGCGTAAG                         CTAAATCGTCTAGTTACAGAGAAGTGGGTTGATGGGTGGGATGATCCTCGT
genomic: GGGAGTATTCAAGGTTGAATGTCTCTAACACAGTTATGTCAAAGCGTAAGgtgaagcaac ... tttgttaaagCTAAATCGTCTAGTTACAGAGAAGTGGGTTGATGGGTGGGATGATCCTCGT
EST: gi|193352354|gb|FK314328.1|FK314328
EST:     CTAACACAGTTATGTCAAAGCGTAAG                         CTAAATCGTCTAGTTACAGAGAAGTGGGTTGATGGGTGGGATGATCCTCGT
genomic: CTAACACAGTTATGTCAAAGCGTAAGgtgaagcaac ... tttgttaaagCTAAATCGTCTAGTTACAGAGAAGTGGGTTGATGGGTGGGATGATCCTCGT
EST: gi|193436949|gb|FK402578.1|FK402578
EST:     CTAACACAGTTATGTCAAAGCGTAAG                         CTAAATCGTCTAGTTACAGAGAAGTGGGTTGATGGGTGGGATGATCCTCGT
genomic: CTAACACAGTTATGTCAAAGCGTAAGgtgaagcaac ... tttgttaaagCTAAATCGTCTAGTTACAGAGAAGTGGGTTGATGGGTGGGATGATCCTCGT