Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTGTTCCTCCTGGAGGTGTTGTTAATGGCAACAAAGCTGGATATGATGATGATGATGATTTGGGAATTATGGACATTGATGAGAATGACAGCAAATCTGgtactcatacctgactttccgcaaatagcctttctgtacagtcaagtttatatttaatctattatagtttagttccctttgtatcaatttttcaggacttttaccatttcttccttttttgtag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G18840.1
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G18840.1 (Glycine max), 5'ss of exon 15
lower sequence: Vv18s0001g11700.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 15
CTTGTTCCTCCTGGAGGTGTTGTTAATGGCAACAAAGCTGGATATGATGATGATGATGATTTGGGAATTATGGACATTGATGAGAATGACAGCAAATCTGgtactca--tacctgactttccgcaaatagcctttc---tgtacagtcaagtttatatttaatctattatagtttagttccctttgtatcaattt----ttcaggacttttaccatttcttccttttttgtag------------------
   | || | |    |||  |   |  ||   ||| |  |   | |   |||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| |||| |||||| ||   |   ||   | ||   |    || |||   | ||  |       | | ||   || |       ||  | |   || | | || ||    ||| |   |||  | | || |  |  ||   ||                   
GGGGGTCATGCCAATGGTAATAAAACGGGATCCAATGACGATGACGCCAATGATGATGATTTGGGTATTTTGGACATTGATGAAAATGACAACAAAACTGgtaatctgttttttggtgtgccttcatcttcccttcatttttagggctgttcatctgttcggtccacatcgagttcatccgaattatgtgaaattctgcttctgatatttctcaaattatatcagttcaataagattatttattcttgtag