Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTATTGCTCCCTCCAGGTTCAATACCCAGCTGGGGCCAAAGTCACTTTCTGGATCACCCGAGGCCCTTACCTTAGCGCGATGGATCTGTAGAAGCTACAGgtttgtctttcattaattttgactgcttattttagctatctaaagtaaagtgcttgattattcttgtattagagttgtatttaatggattgatgaagtgc...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G02750.1
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|12689908|gb|BG156244.1|BG156244
EST:     GGATCACCCGAGGCCCTTACCTTAGCGCGATGGATCTGTAGAAGCTACAG                         GGTTCACACTGGCACAGAGCTTTTTAAAGCTGAGTCCACAGCTGGTGATGC
genomic: GGATCACCCGAGGCCCTTACCTTAGCGCGATGGATCTGTAGAAGCTACAGgtttgtcttt ... ttcctttcagGGTTCACACTGGCACAGAGCTTTTTAAAGCTGAGTCCACAGCTGGTGATGC
EST: gi|4396966|gb|AI495963.1|AI495963
EST:     GGATCACCCGAGGCCCTTACCTTAGCGCGATGGATCTGTAGAAGCTACAG                         GGTTCACACTGGCACAGAGCTTTTTAAAGCTGAGTCCACNAG-TGGTGATG
genomic: GGATCACCCGAGGCCCTTACCTTAGCGCGATGGATCTGTAGAAGCTACAGgtttgtcttt ... ttcctttcagGGTTCACACTGGCACAGAGCTTTTTAAAGCTGAGTCCAC-AGCTGGTGATG
EST: gi|15203072|gb|BI425840.1|BI425840
EST:     CCTTACCTTAGCGCGATGGATCTGTAGAAGCTACAG                         GGTTCACACTGGCACAGAGCTTTTTAAAGCTGAGTCCACAGCTGGTGATGC
genomic: CCTTACCTTAGCGCGATGGATCTGTAGAAGCTACAGgtttgtcttt ... ttcctttcagGGTTCACACTGGCACAGAGCTTTTTAAAGCTGAGTCCACAGCTGGTGATGC
EST: gi|17963391|gb|BM270141.1|BM270141
EST:     TTACCTTAGCGCGATGGATCTGTAGAAGCTACAA                         GGTTCACACTGGCACAGAGCTTTTTAAAGCTGAGTCCACAGCTGGTGATGC
genomic: TTACCTTAGCGCGATGGATCTGTAGAAGCTACAGgtttgtcttt ... ttcctttcagGGTTCACACTGGCACAGAGCTTTTTAAAGCTGAGTCCACAGCTGGTGATGC
EST: gi|11411927|gb|BF423938.1|BF423938
EST:     GGATCACCCGAGGCCCTTACCTTAGCGCGATGGATCTGTAGAAGCTACAG                         GGTTCACACTGGCACAGAGCTTTTTAAAGCTGAGTCCACAGCTGGTGATGC
genomic: GGATCACCCGAGGCCCTTACCTTAGCGCGATGGATCTGTAGAAGCTACAGgtttgtcttt ... ttcctttcagGGTTCACACTGGCACAGAGCTTTTTAAAGCTGAGTCCACAGCTGGTGATGC
EST: gi|6848877|gb|AW351167.1|AW351167
EST:     GGATCACNCGAGGCNNNTACTTTAGCGCGATGGATCTGTAGAAGCTACAG                         GGTTCACANNGGCACAGAGCTTTTTAAAGCTGAGTCCACAGCTGGTGATGC
genomic: GGATCACCCGAGGCCCTTACCTTAGCGCGATGGATCTGTAGAAGCTACAGgtttgtcttt ... ttcctttcagGGTTCACACTGGCACAGAGCTTTTTAAAGCTGAGTCCACAGCTGGTGATGC
EST: gi|192305204|gb|FG993956.1|FG993956
EST:     GGATCACCCGAGGCCCTTACCTTAGCGCGATGGATCTGTAGAAGCTACAG                         GGTTCACACTGGCACAGAGCTTTTTAAAGCTGAGTCCACAGCTGGTGATGC
genomic: GGATCACCCGAGGCCCTTACCTTAGCGCGATGGATCTGTAGAAGCTACAGgtttgtcttt ... ttcctttcagGGTTCACACTGGCACAGAGCTTTTTAAAGCTGAGTCCACAGCTGGTGATGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTATTGCTCCCTCCAGGTTCAATACCCAGCTGGGGCCAAAGTCACTTTCTGGATCACCCGAGGCCCTTACCTTAGCGCGATGGATCTGTAGAAGCTACAGgtttgtctttcattaattttgactgcttattttagctatctaaagtaaagtgcttgattattcttgtattagagttgtatttaatggattgatgaagtgc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGC