Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGTTCATTTGCAGCATGCATGTACTAGCTGTTGTATTTTAATGGTGTCTGGCAACCGTTGGGTTTGCAACCAGTGCAAAAATTTTCATATTTGTGATAGgtaaggattcttcaatcttatcttcatgattttgtcatttgatgtgttaaatgctatacctaatatcaaaattgtgtcttctttaactaaatacagtagt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G24290.1
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G24290.1 (Glycine max), 5'ss of exon 15
lower sequence: Vv09s0054g01780.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 12
TGGTTCATTTGCAGCATGCATGTACTAGCTGTTGTATTTTAATGGTGTCTGGCAACCGTTGGGTTTGCAACCAGTGCAAAAATTTTCATATTTGTGATAGgtaaggattcttcaatcttatcttcatgattttgtcatttgatgtgttaaatgctatacctaatatcaaaattgtgtcttctttaactaaatacag-tagt
||||||| ||||| ||||||||||||   ||||||  | | ||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||  ||||||||| ||| | ||| | ||  ||| |   |||| | || | |   | |||   |  | || |   | |  | || |     |     |  |  ||  | |  ||||
TGGTTCACTTGCAACATGCATGTACTCATTGTTGTCATCTGATGGTATCTGGAAACCGTTGGGTTTGCCACCAGTGCAAGAATTTTCAGCTTTGTGATAAgtacgtattatgcagcctt-tacccatgttgttttaaagagctgttcaattttctttgttttaagtaaataagaaatagaaatatataaatgatacctagt