Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATCGATGCCCTGGCTAAAATGGTTGATCCTACATTGGAAGGATTATACCCTGTGAAGTCCCTTTCTCGATTTGCGGATGTTATTGCTCTGTGTGTTCAGgtaatgtcagtcatgtttcatcttaatttttatttagtgaataggctgtacatcacttgttttgggagtctaattgaactgtagcttggggtaagttcaagcattggggtacccttggggatgaacaacatttacatgtattaatccattatcatgttattctaattttacttttggggcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G05230.1
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G05230.1 (Glycine max), 5'ss of exon 15
lower sequence: GRMZM2G004572_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 15
TATCGATGCCCTGGCTAAAATGGTTGATCCTACATTGGAAGGATTATACCCTGTGAAGTCCCTTTCTCGATTTGCGGATGTTATTGCTCTGTGTGTTCAGgtaatgtcagtcatgtttcatcttaatttttatttagtgaataggctgtacatcacttgttttgggagtctaattgaactgtagcttggggtaagttcaagcattggggtacccttggggatgaacaacatttacatgtattaatccattatcatgttattctaattttacttttggggcag
 || || ||| |||   | |||||||||||  |  |  | ||  | ||||| |  || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||    |  ||  |   |  | ||      | |||||  | |  || |||||||              |     | |  | |||| |     | || |    | |||||   |                                                                    
CATTGACGCCTTGGACCAGATGGTTGATCCGGCGCTCAAGGGTCTTTACCCCGCCAAATCCCTTTCCCGTTTTGCGGATGTTATTGCTCTGTGTGTCCAGgtatgaac--tctagcgcccacatacaacgcagttagtatacat-ctatacatca--------aaataccagccagtagcgaagctagcaaataattta----tcggggtcatca-------------------------------------------------------------------

upper sequence: GLYMA07G05230.1 (Glycine max), 5'ss of exon 15
lower sequence: AT1G53730.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 15
TATCGATGCCCTGGCTAAAATGGTTGATCCTACATTGGAAGGATTATACCCTGTGAAGTCCCTTTCTCGATTTGCGGATGTTATTGCTCTGTGTGTTCAGgtaatgtcagtcatgtttcatcttaatttttatttagtgaataggctgtacatcacttgttttgggagtctaattgaactgtagcttggggtaagttcaagcattggggtacccttggggatgaacaacatttacatgtattaatccattatcatgttattctaattttacttttggggcag
 || |||||  | || ||||||||||||||  |  |  ||||  | || ||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||    | |   ||  ||  |  | | ||    | | || |    ||   | |||  ||||||  ||||  ||       ||                                                                                                  
CATTGATGCTTTAGCCAAAATGGTTGATCCAGCTCTTAAAGGGCTTTATCCTGTCAAATCCCTTTCTCGATTTGCAGATGTTATCGCTCTCTGTGTCCAGgtaa-actaatg--gtcacaaatcgagtcttgcaaattcaagaaa--gtcttttactgattttgg--gtcttgtttcttaacag--------------------------------------------------------------------------------------------------

upper sequence: GLYMA07G05230.1 (Glycine max), 5'ss of exon 15
lower sequence: Vv09s0002g00150.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 15
TATCGATGCCCTGGCTAAAATGGTTGATCCTACATTGGAAGGATTATACCCTGTGAAGTCCCTTTCTCGATTTGCGGATGTTATTGCTCTGTGTGTTCAGgtaatgtcagtcatgtttcatcttaatttttatttagtgaataggctgtacatcacttgttttgggagtctaattgaactgtagcttggggtaagttcaagcattggggtacccttggggatgaacaacatttacatgtattaatccattatcatgttattctaattttacttttggggcag
 |||||||| ||||||||||||||||||||  || |  ||||  | ||||| || ||||| || ||  | || || ||||| |||||||||||||| ||||||| ||       ||||  |  |||  |  |    |   || |  |   |||||     |||  |   || || | |  | | ||         ||  |  |||         | ||                                                                
CATCGATGCTCTGGCTAAAATGGTTGATCCGGCACTCAAAGGGCTCTACCCAGTCAAGTCTCTCTCCAGGTTCGCTGATGTGATTGCTCTGTGTGTCCAGgtaaggt-------gtttagt--taaagtaaagagtgcagatggatt---catcatcctgtttcagctgctgatggtaaag-atctgttctctgattttaatattttatcgttttgggcag-------------------------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6666117|gb|AW277576.1|AW277576
EST:     CTGTGAAGTCCCTTTCTCGATTTGCGGATGTTATTGCTCTGTGTGTTCAG                         CCGGAGCCGGAATTCCGACCACCTATGTCAGAAGTGGTTCAAGCGCTGGTT
genomic: CTGTGAAGTCCCTTTCTCGATTTGCGGATGTTATTGCTCTGTGTGTTCAGgtaatgtcag ... tttggggcagCCGGAGCCGGAATTCCGACCACCTATGTCAGAAGTGGTTCAAGCGCTGGTT
EST: gi|7285544|gb|AW598031.1|AW598031
EST:     CTGTGAAGTCCCTTTCTCGATTTGCGGATGTTATTGCTCTGTGTGTTCAG                         CCGGAGCCGGAATTCCGACCACCTATGTCAGAAGTGGTTCAAGCGCTGGTT
genomic: CTGTGAAGTCCCTTTCTCGATTTGCGGATGTTATTGCTCTGTGTGTTCAGgtaatgtcag ... tttggggcagCCGGAGCCGGAATTCCGACCACCTATGTCAGAAGTGGTTCAAGCGCTGGTT
EST: gi|22927841|gb|BU544980.1|BU544980
EST:     CTGTGAAGTCCCTTTCTCGATTTGCGGATGTTATTGCTCTGTGTGTTCAG                         CCGGAGCCGGAATTCCGACCACCTATGTCAGAAGTGGTTCAAGCGCTGGTT
genomic: CTGTGAAGTCCCTTTCTCGATTTGCGGATGTTATTGCTCTGTGTGTTCAGgtaatgtcag ... tttggggcagCCGGAGCCGGAATTCCGACCACCTATGTCAGAAGTGGTTCAAGCGCTGGTT
EST: gi|193604920|gb|FK555002.1|FK555002
EST:     TCCCTTTCTCGATTTGCGGATGTTATTGCTCTGTGTGTTCAG                         CCGGAGCCGGAATTCCGACCACCTATGTCAGAAGTGGTTCAAGCGCTGGTT
genomic: TCCCTTTCTCGATTTGCGGATGTTATTGCTCTGTGTGTTCAGgtaatgtcag ... tttggggcagCCGGAGCCGGAATTCCGACCACCTATGTCAGAAGTGGTTCAAGCGCTGGTT
EST: gi|31456082|gb|CD398110.1|CD398110
EST:     CTGTGAAGTCCCTTTCTCGATTTGCGGATGTTATTGCTCTGTGTGTTCAG                         CCGGAGCCGGAATTCCGACCACCTATGTCAGAAGTGGTTCAAGCGCTGGTT
genomic: CTGTGAAGTCCCTTTCTCGATTTGCGGATGTTATTGCTCTGTGTGTTCAGgtaatgtcag ... tttggggcagCCGGAGCCGGAATTCCGACCACCTATGTCAGAAGTGGTTCAAGCGCTGGTT
EST: gi|7029604|gb|AW459321.1|AW459321
EST:     CTGTGAAGTCCCTTTCTCGATTTGCGGATGTTATTGCTCTGTGTGTTCAG                         CCTGAGCCGGAATTCCGACCACCTATGTCAGAAGTGGTTCAAGCGCTGGTT
genomic: CTGTGAAGTCCCTTTCTCGATTTGCGGATGTTATTGCTCTGTGTGTTCAGgtaatgtcag ... tttggggcagCCGGAGCCGGAATTCCGACCACCTATGTCAGAAGTGGTTCAAGCGCTGGTT
EST: gi|26047578|gb|CA784313.1|CA784313
EST:     CTGTGAAGTCCCTTTCTCGATTTGCGGATGTTATTGCTCTGTGTGTTCAG                         CCGGAGCCGGAATTCCGACCACCTATGTCAGAAGTGGTTCAAGCGCTGGTT
genomic: CTGTGAAGTCCCTTTCTCGATTTGCGGATGTTATTGCTCTGTGTGTTCAGgtaatgtcag ... tttggggcagCCGGAGCCGGAATTCCGACCACCTATGTCAGAAGTGGTTCAAGCGCTGGTT
EST: gi|208318987|gb|GE112028.1|GE112028
EST:     CTGTGAAGTCCCTTTCTCGATTTGCGGATGTTATTGCTCTGTGTGTTCAG                         CCGGAGCCGGAATTCC
genomic: CTGTGAAGTCCCTTTCTCGATTTGCGGATGTTATTGCTCTGTGTGTTCAGgtaatgtcag ... tttggggcagCCGGAGCCGGAATTCC
EST: gi|214009532|gb|DB990118.1|DB990118
EST:     CTGTGAAGTCCCTTTCTCGATTTGCGGATGTTATTGCTCTGTGTGTTCAG                         CCGGAGCCGGAATTCCGACCACCTATGTCAGAAGTGGTTCAAGCGCTGGTT
genomic: CTGTGAAGTCCCTTTCTCGATTTGCGGATGTTATTGCTCTGTGTGTTCAGgtaatgtcag ... tttggggcagCCGGAGCCGGAATTCCGACCACCTATGTCAGAAGTGGTTCAAGCGCTGGTT
EST: gi|298175534|gb|HO018245.1|HO018245
EST:     CTGTGAAGTCCCTTTCTCGATTTGCGGATGTTATTGCTCTGTGTGTTCAG                         CCGGAGCCGGAATTCCGACCACCTATGTCAGAAGTGGTTCAAGCGCTGGTT
genomic: CTGTGAAGTCCCTTTCTCGATTTGCGGATGTTATTGCTCTGTGTGTTCAGgtaatgtcag ... tttggggcagCCGGAGCCGGAATTCCGACCACCTATGTCAGAAGTGGTTCAAGCGCTGGTT
EST: gi|209706450|gb|BW680737.1|BW680737
EST:     GTCCCTTTCTCGATTTGCGGATGTTATTGCTCTGTGTGTTCAG                         CCGGAGCCGGAATTCCGACCACCTATGTCAGAAGTGGTTCAAGCGCTGGTT
genomic: GTCCCTTTCTCGATTTGCGGATGTTATTGCTCTGTGTGTTCAGgtaatgtcag ... tttggggcagCCGGAGCCGGAATTCCGACCACCTATGTCAGAAGTGGTTCAAGCGCTGGTT
EST: gi|151400859|gb|EV270673.1|EV270673
EST:     CTGTGAAGTCCCTTTCTCGATTTGCGGATGTTATTGCTCTGTGTGTTCAG                         CCGGAGCCGGAATTCCGACCACCTATGTCAGAAGTGGTTCAAGCGCTGGTT
genomic: CTGTGAAGTCCCTTTCTCGATTTGCGGATGTTATTGCTCTGTGTGTTCAGgtaatgtcag ... tttggggcagCCGGAGCCGGAATTCCGACCACCTATGTCAGAAGTGGTTCAAGCGCTGGTT