Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGATGAACGCCACTTGGATCTTAGATGTTGGATGTTACTTGCAGCAGACTGTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttgaaaaataaattactggtagggtaattgttggcagcagattaatcccctaatttaattgacatattgaatgaaacaatgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G27900.2
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G27900.2 (Glycine max), 5'ss of exon 15
lower sequence: Vv01s0010g03300.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 15
AGATGAACGCCACTTGGATCTTAGATGTTGGATGTTACTTGCAGCAGACTGTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttgaaaaataaattactggtagggtaattgttggcagcagattaatcccctaatttaattgacatattgaatgaaacaatgcag
||| || | |||  ||||||||||||| |||||| | |||||||| || || |||||||||||   |||||| ||    | |||||    ||  | || ||||||||     ||| | |   ||| || | ||   |     | |||  | | |  |||   |||| |||| ||||||||  |  ||||||
AGAAGAGCACCATGTGGATCTTAGATGCTGGATGCTTCTTGCAGCTGAATGCATGCATTCCATCACAGAGTTATTCCGGAAGGAAAATGGACTGGAAAAGgtataatactggaaaaagacagctgataag-tatcaggaattatcag--tgacctactatactaatagaca-attgaatggtatgatgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208195868|gb|GD994429.1|GD994429
EST:     GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG                         GATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG
EST: gi|207696288|gb|GD677783.1|GD677783
EST:     GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG                         GATTATGGTTCTACTGTGAAA
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTGAAA
EST: gi|193301317|gb|FK266420.1|FK266420
EST:     GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG                         GATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG
EST: gi|207806471|gb|GD777436.1|GD777436
EST:     GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG                         GATTATGGTTCTACTGTG
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTG
EST: gi|208126411|gb|GD925655.1|GD925655
EST:     GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG                         GATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGG
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGG
EST: gi|208196940|gb|GE001060.1|GE001060
EST:     GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG                         GATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG
EST: gi|193566450|gb|FK522437.1|FK522437
EST:     GTATGCAATCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG                         GATTATGGTTCTACTGT
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGT
EST: gi|13480605|gb|BG509948.1|BG509948
EST:     GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG                         GATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG
EST: gi|208089246|gb|GD886507.1|GD886507
EST:     GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG                         GATTATGGTTCTACTGTG
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTG
EST: gi|193442359|gb|FK407344.1|FK407344
EST:     GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG                         GATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTT
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTT
EST: gi|208276012|gb|GE074306.1|GE074306
EST:     GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG                         GATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGATGAACGCCACTTGGATCTTAGATGTTGGATGTTACTTGCAGCAGACTGTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttgaaaaataaattactggtagggtaattgttggcagcagattaatcccctaatttaattgacatattgaatgaaacaatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA