1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
21 5' 3' |
AGATGAACGCCACTTGGATCTTAGATGTTGGATGTTACTTGCAGCAGACTGTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttgaaaaataaattactggtagggtaattgttggcagcagattaatcccctaatttaattgacatattgaatgaaacaatgcag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA05G27900.1 |
intron # | 15 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG GATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAGEST: gi|207696288|gb|GD677783.1|GD677783
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG
EST: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG GATTATGGTTCTACTGTGAAAEST: gi|193301317|gb|FK266420.1|FK266420
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTGAAA
EST: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG GATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAGEST: gi|207806471|gb|GD777436.1|GD777436
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG
EST: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG GATTATGGTTCTACTGTGEST: gi|51334717|gb|CO978583.1|CO978583
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTG
EST: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG GATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAGEST: gi|208126411|gb|GD925655.1|GD925655
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG
EST: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG GATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGEST: gi|208196940|gb|GE001060.1|GE001060
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGG
EST: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG GATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAGEST: gi|193566450|gb|FK522437.1|FK522437
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG
EST: GTATGCAATCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG GATTATGGTTCTACTGTEST: gi|13480605|gb|BG509948.1|BG509948
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGT
EST: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG GATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAGEST: gi|208089246|gb|GD886507.1|GD886507
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG
EST: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG GATTATGGTTCTACTGTGEST: gi|193442359|gb|FK407344.1|FK407344
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTG
EST: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG GATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTEST: gi|208276012|gb|GE074306.1|GE074306
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTT
EST: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATG GATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG
genomic: GTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGTGAAATTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGATGAACGCCACTTGGATCTTAGATGTTGGATGTTACTTGCAGCAGACTGTATGCATTCCATTCAAGAGTTGTTGGATATGGAAAGCAAACCTGGAATGgtataatttgaaaaataaattactggtagggtaattgttggcagcagattaatcccctaatttaattgacatattgaatgaaacaatgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA