Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGGGTCGTGTATAGAACATTTGGTAACGAGATGTTTGAGCTTGTAGCATATGAGTTGATGTCAGCCAATGATGCACCAGAAAGGGATCCAATGGACTGgtatggactttgggatgtacgctgaaatatgcctgatttttttctttgttgctattattatcatagcttaaatatgtttttgatccttgatatatacccg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G40660.1
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA03G40660.1 (Glycine max), 5'ss of exon 15
lower sequence: LOC_Os07g31460.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 14
GTTGGGTCGTGTATAGAACATTTGGTAACGAGATGTTTGAGCTTGTAGCATATGAGTTGATGTCAGCCAATGATGCACCAGAAAGGGATCCAATGGACTGgtatggactttgggatgtacgctgaaatatgcctgatttttttctttgttgcta--ttattatcatagcttaaatatgtttttgatccttgatatatacccg
||||| |  | || |  |   ||| |  | | |  |  ||| | |   ||||||| ||||||||||| |||||||  ||||| ||||||||||||||||||||| |    |  | |         |   |     |    |  |   |||| ||    |  || | ||    || ||  |  | |       |||  | |  
GTTGGATAATTTACAAGATGCTTGATGGCCAAACTTGCGAGTTGGATTCATATGATTTGATGTCAGCTAATGATGTTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtatagcaactttgtttccttacatacctttttacacacataacaccgttgataagcaaccattacagtgccaaaatcctagtaacatgaagtatgcaac--

upper sequence: GLYMA03G40660.1 (Glycine max), 5'ss of exon 15
lower sequence: GRMZM2G474236_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
GTTGGGTCGTGTATAGAACATTTGGTAACGAGATGTTTGAGCTTGTAGCATATGAGTTGATGTCAGCCAATGATGCACCAGAAAGGGATCCAATGGACTGgtatggactttgggatgtacgctgaaatatgcctgattttttt---ctttgttgctat-tattatcatagcttaaat----atgtttttgatccttgatatatacccg
||||| |  | |||| ||     | |  | | |  |  ||| | |   ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |   ||| |||  |   | |    |     ||  |  |   |||   ||  || || | |   |   |||||    ||||| ||  |||||  | ||      
GTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGTCATATGATTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGGGATCCAATGGACTGgtaaag---ttgagatagattgttagccttattcaatcctaatatgcttgaatggaatataatgtgccataataaatcccgatgttattcttcctttttgtag-----

upper sequence: GLYMA03G40660.1 (Glycine max), 5'ss of exon 15
lower sequence: Vv14s0030g01930.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 15
---GTTGGGTCGTGTATAGAACATTTGGTAACGAGATGTTTGAGCTTGTAGCATATGAGTTGATGTCAGCCAATGATGCACCAGAAAGGGATCCAATGGACTGgtatggactttgggatgtacgctgaaatatgcctgatttttttctttgttgctattattatcatagcttaaatatgtttttgatccttgatatatacccg-----
   ||||| |  | || | |  |      ||  |||||   || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| ||||| |   ||  | |   ||       ||||  | || |||||||    || || |   ||  ||  ||   | |      || |    | || ||   |     
GTTGTTGGATTATATACAAAGTA---AACAATAAGATGCAAGAACTTGTGGCATATGAGTTGATGTCAGCTAATGATGCTCCAGAGAGAGATCCAATGGATTGgtacgcttttctgaa---acataatgctatggtttatctttttctccaatgttacttcaatttta--tttcctttaacaaagaactcgaaaatgtagaagtttta

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192309453|gb|FG999834.1|FG999834
EST:     TATGAGTTGATGTCAGCCAATGATGCACCAGAAAGGGATCCAATGGACTG                         GATTCTTGAAGGGAGCAGTGATGACGGGATCAGCTGGCAAGTTTTGGACAA
genomic: TATGAGTTGATGTCAGCCAATGATGCACCAGAAAGGGATCCAATGGACTGgtatggactt ... actttcccagGATTCTTGAAGGGAGCAGTGATGACGGGATCAGCTGGCAAGTTTTGGACAA
EST: gi|15000214|gb|BI321028.1|BI321028
EST:     TATGAGTTGATGTCAGCCAATGATGCACCAGAAAGGGATCCAATGGACTG                         GATTCTTGAAGGGAGCAGTGATGACGGGATCAGCTGGCAAGTTTTGGACAA
genomic: TATGAGTTGATGTCAGCCAATGATGCACCAGAAAGGGATCCAATGGACTGgtatggactt ... actttcccagGATTCTTGAAGGGAGCAGTGATGACGGGATCAGCTGGCAAGTTTTGGACAA
EST: gi|5509854|gb|AI856412.1|AI856412
EST:     TATGAGTTGATGTCAGCCAATGATGCACCAGAAAGGGATCCAATGGACTG                         GATTCTTGAAGGGAGCAGTGATGACGGGATCAGCTGGCAAGTTTTGGACAA
genomic: TATGAGTTGATGTCAGCCAATGATGCACCAGAAAGGGATCCAATGGACTGgtatggactt ... actttcccagGATTCTTGAAGGGAGCAGTGATGACGGGATCAGCTGGCAAGTTTTGGACAA
EST: gi|209724361|gb|BW658157.1|BW658157
EST:     ATGATGCACCAGAAAGGGATCCAATGGACTG                         GATTCTTGAAGGGAGCAGTGATGACGGGATCAGCTGGCAAGTTTTGGACAA
genomic: ATGATGCACCAGAAAGGGATCCAATGGACTGgtatggactt ... actttcccagGATTCTTGAAGGGAGCAGTGATGACGGGATCAGCTGGCAAGTTTTGGACAA
EST: gi|192313084|gb|FK003694.1|FK003694
EST:     TCCAATGGACTG                         GATTCTTGAAGGGAGCAGTGATGACGGGATCAGCTGGCAAGTTTTGGACAA
genomic: TCCAATGGACTGgtatggactt ... actttcccagGATTCTTGAAGGGAGCAGTGATGACGGGATCAGCTGGCAAGTTTTGGACAA
EST: gi|5509855|gb|AI856413.1|AI856413
EST:     TATGAGTTGATGTCAGCCAATGATGCACCAGAAAGGGATCCAATGGACTG                         GATTCTTGAAGGGAGCAGTGATGACGGGATCAGCTGGCAAGTTTTGGACAA
genomic: TATGAGTTGATGTCAGCCAATGATGCACCAGAAAGGGATCCAATGGACTGgtatggactt ... actttcccagGATTCTTGAAGGGAGCAGTGATGACGGGATCAGCTGGCAAGTTTTGGACAA
EST: gi|192313085|gb|FK003695.1|FK003695
EST:     TCCAATGGACTG                         GATTCTTGAAGGGAGCAGTGATGACGGGATCAGCTGGCAAGTTTTGGACAA
genomic: TCCAATGGACTGgtatggactt ... actttcccagGATTCTTGAAGGGAGCAGTGATGACGGGATCAGCTGGCAAGTTTTGGACAA