Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGATATTGTGGAGATGGTTTCTTATGCACCACTTTTCTTAAATATAAATGACAAGAGgtaattttcttatagttttgctgtgaaaacttctaccctttatcatattcttgtaacatagaataagcactttgaaaatttagtgtgataaattatttttagatttcaacatgatgcccataataacacgaggttgtgtaaatgtgtcattacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G30460.1
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|207775870|gb|GD748645.1|GD748645
EST:     GTGGAGATGGTTTCTTATGCACCACTTTTCTTAAATATAAATGACAAGAG                         ATGGATTCCCGATGCAATTGTGTTCGACTCTTATCAGGTTTATGGAACTCC
genomic: GTGGAGATGGTTTCTTATGCACCACTTTTCTTAAATATAAATGACAAGAGgtaattttct ... gtcattacagATGGATTCCCGATGCAATTGTGTTCGACTCTTATCAGGTTTATGGAACTCC
EST: gi|193452263|gb|FK418529.1|FK418529
EST:     GTGGAGATGGTTTCTTATGCACCACTTTTCTTAAATATAAATGACAAGAG                         ATGGATTCCCGATGCAATTGTGTTCGACTCTTATCAGGTTTATGGAACTCC
genomic: GTGGAGATGGTTTCTTATGCACCACTTTTCTTAAATATAAATGACAAGAGgtaattttct ... gtcattacagATGGATTCCCGATGCAATTGTGTTCGACTCTTATCAGGTTTATGGAACTCC
EST: gi|193354959|gb|FK322568.1|FK322568
EST:     GTGGAGATGGTTTCTTATGCACCACTTTTCTTAAATATAAATGACAAGAG                         ATGGATTCCCGATGCAATTGTGTTCGACTCTTATCAGGTTT
genomic: GTGGAGATGGTTTCTTATGCACCACTTTTCTTAAATATAAATGACAAGAGgtaattttct ... gtcattacagATGGATTCCCGATGCAATTGTGTTCGACTCTTATCAGGTTT
EST: gi|193511194|gb|FK468463.1|FK468463
EST:     GTGGAGATGGTTTCTTATGCACCACTTTTCTTAAATATAAATGACAAGAG                         ATGGATTCCCGATGCAATTGTGTTCGACTCTTATCAGGTTTATGGAACTCC
genomic: GTGGAGATGGTTTCTTATGCACCACTTTTCTTAAATATAAATGACAAGAGgtaattttct ... gtcattacagATGGATTCCCGATGCAATTGTGTTCGACTCTTATCAGGTTTATGGAACTCC
EST: gi|193303429|gb|FK272049.1|FK272049
EST:     CCACTTTTCTTAAATATAAATGACAAGAG                         ATGGATTCCCGATGCAATTGTGTTCGACTCTTATCAGGTTTATGGAACTCC
genomic: CCACTTTTCTTAAATATAAATGACAAGAGgtaattttct ... gtcattacagATGGATTCCCGATGCAATTGTGTTCGACTCTTATCAGGTTTATGGAACTCC
EST: gi|193651300|gb|FK597677.1|FK597677
EST:     GTGGAGATGGTTTCTTATGCACCACTTTTCTTAAATATAAATGACAAGAG                         ATGGATTCCCGATGCAATTGTGTTCGACTCTTATCAGGTTTATGGAACTCC
genomic: GTGGAGATGGTTTCTTATGCACCACTTTTCTTAAATATAAATGACAAGAGgtaattttct ... gtcattacagATGGATTCCCGATGCAATTGTGTTCGACTCTTATCAGGTTTATGGAACTCC
EST: gi|208112736|gb|GD909731.1|GD909731
EST:     GTGGAGATGGTTTCTTATGCACCACTTTTCTTAAATATAAATGACAAGAG                         ATGGATTCCCGATGCAATTGTG
genomic: GTGGAGATGGTTTCTTATGCACCACTTTTCTTAAATATAAATGACAAGAGgtaattttct ... gtcattacagATGGATTCCCGATGCAATTGTG
EST: gi|208288352|gb|GE084365.1|GE084365
EST:     GTGGAGATGGTTTCTTATGCACCACTTTTCTTAAATATAAATGACAAGAG                         ATGGATTCCCGATGCAATTGTGTTCGACTCTTATCAGGTT
genomic: GTGGAGATGGTTTCTTATGCACCACTTTTCTTAAATATAAATGACAAGAGgtaattttct ... gtcattacagATGGATTCCCGATGCAATTGTGTTCGACTCTTATCAGGTT
EST: gi|193557764|gb|FK515731.1|FK515731
EST:     GTGGAGATGGTTTCTTATGCACCACTTTTCTTAAATATAAATGACAAGAG                         ATGGGATTCCCGATGCAATTGTGTTCGACTCTTATCAGGTTTATGGAACTC
genomic: GTGGAGATGGTTTCTTATGCACCACTTTTCTTAAATATAAATGACAAGAGgtaattttct ... gtcattacagATGG-ATTCCCGATGCAATTGTGTTCGACTCTTATCAGGTTTATGGAACTC
EST: gi|58020822|gb|CX707564.1|CX707564
EST:     TATAAATGACAAGAG                         ATGGATCCCCGATGCAATTGTGTTCGACTCTTATCAGGTTTATGGAACTCC
genomic: TATAAATGACAAGAGgtaattttct ... gtcattacagATGGATTCCCGATGCAATTGTGTTCGACTCTTATCAGGTTTATGGAACTCC
EST: gi|6724799|gb|AW309198.1|AW309198
EST:     GTGGAGATGGTTTCTTATGCACCACTTTTCTTAAATATAAATGACAAGAG                         ATGGATTCCCGATGCAATTGTGTTCGACTCTTATCAGGTTTATGGAACTCC
genomic: GTGGAGATGGTTTCTTATGCACCACTTTTCTTAAATATAAATGACAAGAGgtaattttct ... gtcattacagATGGATTCCCGATGCAATTGTGTTCGACTCTTATCAGGTTTATGGAACTCC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGATATTGTGGAGATGGTTTCTTATGCACCACTTTTCTTAAATATAAATGACAAGAGgtaattttcttatagttttgctgtgaaaacttctaccctttatcatattcttgtaacatagaataagcactttgaaaatttagtgtgataaattatttttagatttcaacatgatgcccataataacacgaggttgtgtaaatgtgtcattacag

- - -  GTGGAG
- - - - TGGAGA
- - - -  GGAGAT
- - - - - GAGATG