Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTACATTACATATGCCAAGTTGAATATTTTTCCAAGGTTACAAGATGCTGATATGGATAAACTGTCACATGTCTATGCCGAACTGCGGAGGGAATCTTCAgtaataccctgtcataactttttttaccaaactagattgtagttattgtttgtattgaattcactaacaagctgctctaatttccttgtatag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G03920.1
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208068431|gb|GD862277.1|GD862277
EST:     TGTCTATGCCGAACTGCGGAGGGAATCTTCA                         CACGGACAAGGAGTCCCTATTGCTGTAAGGCACATTGAATCAATGATAAGG
genomic: TGTCTATGCCGAACTGCGGAGGGAATCTTCAgtaataccct ... ccttgtatagCACGGACAAGGAGTCCCTATTGCTGTAAGGCACATTGAATCAATGATAAGG
EST: gi|51335956|gb|CO979822.1|CO979822
EST:     ATATGGATAAACTGTCACATGTCTATGCCGAACTGCGGAGGGAATCTTCA                         CACGGACAAGGAGTCCCTATTGCTGTAAGGCACATTGAATCAATGATAAGG
genomic: ATATGGATAAACTGTCACATGTCTATGCCGAACTGCGGAGGGAATCTTCAgtaataccct ... ccttgtatagCACGGACAAGGAGTCCCTATTGCTGTAAGGCACATTGAATCAATGATAAGG
EST: gi|193452513|gb|FK417533.1|FK417533
EST:     ATATGGATAAACTGTCACATGTCTATGCCGAACTGCGGAGGGAATCTTCA                         CACGGACAAGGAGTCCCTATTGCTGTAAGGCACATTGAATCAATGATAAGG
genomic: ATATGGATAAACTGTCACATGTCTATGCCGAACTGCGGAGGGAATCTTCAgtaataccct ... ccttgtatagCACGGACAAGGAGTCCCTATTGCTGTAAGGCACATTGAATCAATGATAAGG
EST: gi|24136777|gb|BU927287.1|BU927287
EST:     ATATGGATAAACTGTCACATGTCTATGCCGAACTGCGGAGGGAATCTTCA                         CACGGACAAGGAGTCCCTATTGCTGTAAGGCACATTGAATCAATGATAAGG
genomic: ATATGGATAAACTGTCACATGTCTATGCCGAACTGCGGAGGGAATCTTCAgtaataccct ... ccttgtatagCACGGACAAGGAGTCCCTATTGCTGTAAGGCACATTGAATCAATGATAAGG
EST: gi|193406876|gb|FK370963.1|FK370963
EST:     ATATGGATAAACTGTCACATGTCTATGCCGAACTGCGGAGGGAATCTTCA                         CACGGACAAGGAGTCCCTATTGCTGTAAGGCACATTGAATCAATGATAAGG
genomic: ATATGGATAAACTGTCACATGTCTATGCCGAACTGCGGAGGGAATCTTCAgtaataccct ... ccttgtatagCACGGACAAGGAGTCCCTATTGCTGTAAGGCACATTGAATCAATGATAAGG
EST: gi|193447000|gb|FK413685.1|FK413685
EST:     ATATGGATAAACTGTCACATGTCTATGCCGAACTGCGGAGGGAATCTTCA                         CACGGACAAGGAGTCCCTATTGCTGTAAGGCACATTGAATCAATGATAAGG
genomic: ATATGGATAAACTGTCACATGTCTATGCCGAACTGCGGAGGGAATCTTCAgtaataccct ... ccttgtatagCACGGACAAGGAGTCCCTATTGCTGTAAGGCACATTGAATCAATGATAAGG
EST: gi|208075385|gb|GD874272.1|GD874272
EST:     CGGAGGGAATCTTCA                         CACGGACAAGGAGTCCCTATTGCTGTAAGGCACATTGAATCAATGATAAGG
genomic: CGGAGGGAATCTTCAgtaataccct ... ccttgtatagCACGGACAAGGAGTCCCTATTGCTGTAAGGCACATTGAATCAATGATAAGG