Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAGACTATGGTTGAAGATGATGACAAGGAAGTGGTTGCTCAAGCTTGCACTAGTGTGGCTGACATCATTAGAGATTATGGTTATGCAACTCTTGAGCCTTgtaagcatacaattttgatctatcatttaaagtcattttgctgagctgatgctaatgtgagatttactctactatcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G05090.1
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA15G05090.1 (Glycine max), 5'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os03g15540.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
AAGACTATGGTTGAAGATGATGACAAGGAAGTGGTTGCTCAAGCTTGCACTAGTGTGGCTGACATCATTAGAGATTATGGTTATGCAACTCTTGAGCCTTgtaagcata--caattttgatctatcatttaaagtcattttgctgagctgatgctaatgtgagatt----tactctactatcag
||||| |||   || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  | || |||||| | || |||| ||| | ||| |   |||| ||||||||||  |    ||||  |  |   ||     |    |||   ||  ||   ||||  ||    |    |  |  | | ||||
AAGACCATGAGAGAGGATGATGACAAAGAAGTAGTTGCTCAAGCTTGCACGAGCTTAGCAGACATCGTGAGGGATTGTGGATTTGCCATAATTGAACCTTgtaagctgaacttatttaaagttggtatcctgtgaatgtttagggatgtgtgcctaaaatgtctctctgatgttgaaatttcag

upper sequence: GLYMA15G05090.1 (Glycine max), 5'ss of exon 14
lower sequence: Vv12s0034g02160.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 14
AAGACTATGGTTGAAGATGATGACAAGGAAGTGGTTGCTCAAGCTTGCACTAGTGTGGCTGACATCATTAGAGATTATGGTTATGCAACTCTTGAGCCTTgtaag-catacaattttgatctatcatttaaagtcattttgctgagctgatgctaatgtgagatttactctactatcag---------------------------------------
||||| |||   ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |  ||    ||||| || || |  |||| ||| ||     || |||||||||||||| ||| | | |  | |  ||  |    |  ||||    | | ||  ||| |||| | | ||||  ||    |                                          
AAGACGATGACAGAAGATGATGATAAGGAAGTTGTTGCTCAAGCTTGTATGAGCACAGCTGAGATTATCAAGGATTTTGGATACATGGCTGTTGAGCCTTgtaagtcattctaatcagcttcatt-tgcttatccattaaaataatcttgtgcaaatgcgtgttttagactttagttgagagtcttgagacctgttattgactttatttgattttcag