1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
ATGGATCCCGTCTGGGTGCCTTTACACATGTGGACCTGGAGCTTATAAAATTCCTTCTGTGAATGATGTTCCCTTCAAATTTAATGTCTCACTCCTGAAGgtatgttcctgaaccctgaacaaatactttttttgttcttttcttgtgttaagtggatgaaagagtggatgatgcacatgaaaatgattccattatgcta...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA13G41520.1 |
intron # | 14 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTCCTTCTGTGAATGATGTTCCCTTCAAATTTAATGTCTCACTCCTGAAG GGTCATCCAAATGEST: gi|308222717|gb|HO760627.1|HO760627
genomic: TTCCTTCTGTGAATGATGTTCCCTTCAAATTTAATGTCTCACTCCTGAAGgtatgttcct ... taattggtagGGTCATCCAAATG
EST: TTCCTTCTGTGAATGATGTTCCCTTCAAATTTAATGTCTCACTCCTGAAG GGTCATCCAAATGTTAAGGCCATCCATTCATCTAAAGCTGTTGGTGAGCCTEST: gi|254341946|gb|GR853083.1|GR853083
genomic: TTCCTTCTGTGAATGATGTTCCCTTCAAATTTAATGTCTCACTCCTGAAGgtatgttcct ... taattggtagGGTCATCCAAATGTTAAGGCCATCCATTCATCTAAAGCTGTTGGTGAGCCT
EST: TTCCTTCTGTGAATGATGTTCCCTTCAAATTTAATGTCTCACTCCTGAAG GGTCATCCAAATGTTAAGGCCATCCATTCATCTAAAGCTGTTGGTGAGCCTEST: gi|254337732|gb|GR845302.1|GR845302
genomic: TTCCTTCTGTGAATGATGTTCCCTTCAAATTTAATGTCTCACTCCTGAAGgtatgttcct ... taattggtagGGTCATCCAAATGTTAAGGCCATCCATTCATCTAAAGCTGTTGGTGAGCCT
EST: TCCTTTCTGTGAATGATGTTCCCTTCAAATTTAATGTCTCACTCCTGAAG GGTCATCCAAATGTTAAGGCCATCCATTCATCTAAAGCTGTTGGTGAGCCTEST: gi|19347109|gb|BM891989.1|BM891989
genomic: TCC-TTCTGTGAATGATGTTCCCTTCAAATTTAATGTCTCACTCCTGAAGgtatgttcct ... taattggtagGGTCATCCAAATGTTAAGGCCATCCATTCATCTAAAGCTGTTGGTGAGCCT
EST: TTCCTTCTGTGAATGATGTTCCCTTCAAATTTAATGTCTCACTCCTGAAG GGTCATCCAAATGTTAAGGCCATCCATTCATCTAAAGCTGTTGGTGAGCCTEST: gi|8284147|gb|BE021706.1|BE021706
genomic: TTCCTTCTGTGAATGATGTTCCCTTCAAATTTAATGTCTCACTCCTGAAGgtatgttcct ... taattggtagGGTCATCCAAATGTTAAGGCCATCCATTCATCTAAAGCTGTTGGTGAGCCT
EST: TCCTTCTGTGAATGATGTTTCCTTCAAATTTAATGTCTCACTCCTGGAAG G-TCATCCAAATGTTA-GGCCAEST: gi|8401863|gb|BE057497.1|BE057497
genomic: TCCTTCTGTGAATGATGTTCCCTTCAAATTTAATGTCTCACTCCTG-AAGgtatgttcct ... taattggtagGGTCATCCAAATGTTAAGGCCA
EST: TTCCTTCTGTGAATGATGTTCCCTTCAAATTTAATGTCTCACTCCTGAAG GGTCATCCAAATGTTAATGCCATCCATTCATCTAAAGCTGTTGGTGAGCCTEST: gi|7146051|gb|AW507973.1|AW507973
genomic: TTCCTTCTGTGAATGATGTTCCCTTCAAATTTAATGTCTCACTCCTGAAGgtatgttcct ... taattggtagGGTCATCCAAATGTTAAGGCCATCCATTCATCTAAAGCTGTTGGTGAGCCT
EST: TTCCTTCTGTGAATGATGTTCCCTTCAAATTTAATGTCTCACTCCTGAAG GGTCATCCAAATGTTAAGGCCATCCATTCATCTAAAGCTGTTGGTGAGCCTEST: gi|13788348|gb|BG650940.1|BG650940
genomic: TTCCTTCTGTGAATGATGTTCCCTTCAAATTTAATGTCTCACTCCTGAAGgtatgttcct ... taattggtagGGTCATCCAAATGTTAAGGCCATCCATTCATCTAAAGCTGTTGGTGAGCCT
EST: TTCCTTCTGTGAATGATGTTCCCTTCAAATTTAATGTCTCACTCCTGAAG GGTCATCCAAATGTTAAGGCCATCCATTCATCTAAAGCTGTTGGTGAGCCTEST: gi|10708936|gb|BF008721.1|BF008721
genomic: TTCCTTCTGTGAATGATGTTCCCTTCAAATTTAATGTCTCACTCCTGAAGgtatgttcct ... taattggtagGGTCATCCAAATGTTAAGGCCATCCATTCATCTAAAGCTGTTGGTGAGCCT
EST: TTCCTTCTGTGAATGATGTTCCCTTCAAATTTAATGTCTCACTCCTGAAG GGTCATCCAAATGTTAAGGCCATCCATTCATCTAAAGCTGTTGGTGAGCCTEST: gi|254343201|gb|GR856905.1|GR856905
genomic: TTCCTTCTGTGAATGATGTTCCCTTCAAATTTAATGTCTCACTCCTGAAGgtatgttcct ... taattggtagGGTCATCCAAATGTTAAGGCCATCCATTCATCTAAAGCTGTTGGTGAGCCT
EST: TTCCTTCTGTGAATGATGTTCCCTTCAAATTTAATGTCTCACTCCTGAAG GGTCATCCAAATGTTAAGGCCATCCATTCATCTAAAGCTGTTGGTGAGCCTEST: gi|10709625|gb|BF009349.1|BF009349
genomic: TTCCTTCTGTGAATGATGTTCCCTTCAAATTTAATGTCTCACTCCTGAAGgtatgttcct ... taattggtagGGTCATCCAAATGTTAAGGCCATCCATTCATCTAAAGCTGTTGGTGAGCCT
EST: TTCCTTCTGTGAATGATGTTCCCTTCAAATTTAATGTCTCACTCCTGAAG GGTCATCCAAATGTTAAGGCCATCCATTCATCTAAAGCTGTTGGTGAGCCT
genomic: TTCCTTCTGTGAATGATGTTCCCTTCAAATTTAATGTCTCACTCCTGAAGgtatgttcct ... taattggtagGGTCATCCAAATGTTAAGGCCATCCATTCATCTAAAGCTGTTGGTGAGCCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATGGATCCCGTCTGGGTGCCTTTACACATGTGGACCTGGAGCTTATAAAATTCCTTCTGTGAATGATGTTCCCTTCAAATTTAATGTCTCACTCCTGAAGgtatgttcctgaaccctgaacaaatactttttttgttcttttcttgtgttaagtggatgaaagagtggatgatgcacatgaaaatgattccattatgcta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaaatga