Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTCATAACAAGGCAATTTGTACCTATGTCCGGAACATTCATATTCAACGGCATTGACCACAAGTCACAGCTTTTGTCACTGTAACTGCTTTGTACCATGgtaatacttgttaaactcgctggttttatctgtggtataatttttattctaacataatttttaatggttctgatatag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G10540.1
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193601715|gb|FK553526.1|FK553526
EST:     GCATTGACCACAAGTCACAGCTTTTGTCACTGTAACTGCTTTGTACCATG                         ATTCAAGGGATTGATGGGCAATCGTCTATTATGGCTTCCTTTATTCTTATG
genomic: GCATTGACCACAAGTCACAGCTTTTGTCACTGTAACTGCTTTGTACCATGgtaatacttg ... tctgatatagATTCAAGGGATTGATGGGCAATCGTCTATTATGGCTTCCTTTATTCTTATG
EST: gi|58015789|gb|CX702531.1|CX702531
EST:     TCATTGACCACAAGTCACAGCTTTTGTCACTGTAACTGCTTTGTACCATG                         ATTCAAGGGATTGATGGGCAATCGTCTATTATGGCTTCCTTTATTCTTATG
genomic: GCATTGACCACAAGTCACAGCTTTTGTCACTGTAACTGCTTTGTACCATGgtaatacttg ... tctgatatagATTCAAGGGATTGATGGGCAATCGTCTATTATGGCTTCCTTTATTCTTATG
EST: gi|58015531|gb|CX702273.1|CX702273
EST:     TCATTGACCACAAGTCACAGCTTTTGTCACTGTAACTGCTTTGTACCATG                         ATTCAAGGGATTGATGGGCAATCGTCTATTATGGCTTCCTTTATTCTTATG
genomic: GCATTGACCACAAGTCACAGCTTTTGTCACTGTAACTGCTTTGTACCATGgtaatacttg ... tctgatatagATTCAAGGGATTGATGGGCAATCGTCTATTATGGCTTCCTTTATTCTTATG
EST: gi|193473273|gb|FK438668.1|FK438668
EST:     CACAAGTCACAGCTTTTGTCACTGTAACTGCTTTGTACCATG                         ATTCAAGGGATTGATGGGCAATCGTCTATTATGGCTTCCTTTATTCTTATG
genomic: CACAAGTCACAGCTTTTGTCACTGTAACTGCTTTGTACCATGgtaatacttg ... tctgatatagATTCAAGGGATTGATGGGCAATCGTCTATTATGGCTTCCTTTATTCTTATG
EST: gi|193314892|gb|FK281392.1|FK281392
EST:     CAGCTTTTGTCACTGTAACTGCTTTGTACCATG                         ATTCAAGGGATTGATGGGCAATCGTCTATTATGGCTTCCTTTATTCTTATG
genomic: CAGCTTTTGTCACTGTAACTGCTTTGTACCATGgtaatacttg ... tctgatatagATTCAAGGGATTGATGGGCAATCGTCTATTATGGCTTCCTTTATTCTTATG
EST: gi|193531624|gb|FK493180.1|FK493180
EST:     GCATTGACCACAAGTCACAGCTTTTGTCACTGTAACTGCTTTGTACCATG                         ATTCAAGGGATTGATGGGCAATCGTCTATTATGGCTTCCTTTATTCTTATG
genomic: GCATTGACCACAAGTCACAGCTTTTGTCACTGTAACTGCTTTGTACCATGgtaatacttg ... tctgatatagATTCAAGGGATTGATGGGCAATCGTCTATTATGGCTTCCTTTATTCTTATG
EST: gi|193324031|gb|FK292563.1|FK292563
EST:     GCATTGACCACAAGTCACAGCTTTTGTCACTGTAACTGCTTTGTACCATG                         ATTCAAGGGATTGATGGGCAATCGTCTAATTAATGGCTTCCTTTATTCTTA
genomic: GCATTGACCACAAGTCACAGCTTTTGTCACTGTAACTGCTTTGTACCATGgtaatacttg ... tctgatatagATTCAAGGGATTGATGGGCAATCGTCTA-TTA-TGGCTTCCTTTATTCTTA
EST: gi|208256166|gb|GE055679.1|GE055679
EST:     ACAAGTCACAGCTTTTGTCACTGTAACTGCTTTGTACCATG                         ATTCAAGGGATTGATGGGCAATCGTCTATTATGGCTTCCTTTATTCTTATG
genomic: ACAAGTCACAGCTTTTGTCACTGTAACTGCTTTGTACCATGgtaatacttg ... tctgatatagATTCAAGGGATTGATGGGCAATCGTCTATTATGGCTTCCTTTATTCTTATG