Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATATTAAATCACCTGGGGACCCTAAGTTTATGGAAGCATTTGgtatgttttctcccacctatcattagctgaaatagctatgcattgtcccttttatgcaaaatgcaaatgttaagttaaagctatgccaaatatctttgtttttatgtag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G44630.1
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193568715|gb|FK525290.1|FK525290
EST:     CCCTAAGTTTATGGAAGCATTTG                         AATTGAGTCCAGAGGAATCTGAGGATGTTCTTTTTCAAGGAG
genomic: CCCTAAGTTTATGGAAGCATTTGgtatgttttc ... ttttatgtagAATTGAGTCCAGAGGAATCTGAGGATGTTC-TTTTCAAGGAG
EST: gi|57573966|gb|CX546941.1|CX546941
EST:     ATATTAAATCACCTGGGGACCCTAAGTTTATGGAAGCATTTG                         AATTGAGTCCAGAGGAATCTGAGGATGTTCTTTTCAAGGAG
genomic: ATATTAAATCACCTGGGGACCCTAAGTTTATGGAAGCATTTGgtatgttttc ... ttttatgtagAATTGAGTCCAGAGGAATCTGAGGATGTTCTTTTCAAGGAG
EST: gi|58015739|gb|CX702481.1|CX702481
EST:     ATATTAAATCACCTGGGGACCCTAAGTTTATGGAAGCATTTG                         AATTGAGTCCAGAGGAATCTGAGGATGTTCTTTTCAAGGAG
genomic: ATATTAAATCACCTGGGGACCCTAAGTTTATGGAAGCATTTGgtatgttttc ... ttttatgtagAATTGAGTCCAGAGGAATCTGAGGATGTTCTTTTCAAGGAG
EST: gi|21676058|gb|BQ628409.1|BQ628409
EST:     ATATTAAATCACCTGGGGACCCTAAGTTTATGGAAGCATTTG                         AATTGAGTCCAGAGGAATCTGAGGATGTTCTTTTCAAGGAG
genomic: ATATTAAATCACCTGGGGACCCTAAGTTTATGGAAGCATTTGgtatgttttc ... ttttatgtagAATTGAGTCCAGAGGAATCTGAGGATGTTCTTTTCAAGGAG
EST: gi|18690854|gb|BM519710.1|BM519710
EST:     ATATTAAATCACCTGGGGACCCTAAGTTTATGGAAGCATTTG                         AATTGAGTCCAGAGGAATCTGAGGATGTTCTTTTCAAGGAG
genomic: ATATTAAATCACCTGGGGACCCTAAGTTTATGGAAGCATTTGgtatgttttc ... ttttatgtagAATTGAGTCCAGAGGAATCTGAGGATGTTCTTTTCAAGGAG
EST: gi|58018947|gb|CX705689.1|CX705689
EST:     ATATTAAATCACCTGGGGACCCTAAGTTTATGGAAGCATTTG                         AATTGAGTCCAGAGGAATCTGAGGATGTTCTTTTCAAGGAG
genomic: ATATTAAATCACCTGGGGACCCTAAGTTTATGGAAGCATTTGgtatgttttc ... ttttatgtagAATTGAGTCCAGAGGAATCTGAGGATGTTCTTTTCAAGGAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATATTAAATCACCTGGGGACCCTAAGTTTATGGAAGCATTTGgtatgttttctcccacctatcattagctgaaatagctatgcattgtcccttttatgcaaaatgcaaatgttaagttaaagctatgccaaatatctttgtttttatgtag

- - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG