1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
CTATTGGAAGCAACAGCTAGAGCAGTTCAGCCAGTGCTCGAGTTTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaacttccttattggaacttgtaatttatctgggctatggtgaatgaaatatgcaggttaaacattgttaatctaattctagatttcaagacaa...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G36600.2 |
intron # | 14 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTCEST: gi|11689078|gb|BF596754.1|BF596754
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTCEST: gi|7458573|gb|AW666023.1|AW666023
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTNTCTCATCCAAGTGCACATGTCEST: gi|15285751|gb|BI469642.1|BI469642
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTCEST: gi|22541757|gb|BU091600.1|BU091600
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTCEST: gi|19346261|gb|BM891141.1|BM891141
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTCEST: gi|151406577|gb|EV276392.1|EV276392
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTCEST: gi|7326803|gb|AW620601.1|AW620601
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTCEST: gi|9259983|gb|BE348130.1|BE348130
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTCEST: gi|20449593|gb|BQ253717.1|BQ253717
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTCEST: gi|31457075|gb|CD399103.1|CD399103
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTCEST: gi|14205294|gb|BG838972.1|BG838972
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG TGTCGCCTTTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTCEST: gi|27424288|gb|CA935808.1|CA935808
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTCEST: gi|21602771|gb|BQ613102.1|BQ613102
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTCEST: gi|18732701|gb|BM527196.1|BM527196
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTCEST: gi|208186103|gb|GD985878.1|GD985878
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTCEST: gi|208313707|gb|GE113001.1|GE113001
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTCEST: gi|22524291|gb|BU083102.1|BU083102
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTCEST: gi|13480049|gb|BG509392.1|BG509392
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTCEST: gi|20812788|gb|BQ297266.1|BQ297266
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTCEST: gi|18732630|gb|BM527150.1|BM527150
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTCEST: gi|22523414|gb|BU082225.1|BU082225
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTCEST: gi|207679548|gb|GD662168.1|GD662168
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTCEST: gi|10234461|gb|BE803349.1|BE803349
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTCEST: gi|22523608|gb|BU082419.1|BU082419
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTCEST: gi|8401808|gb|BE057442.1|BE057442
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTATTGGAAGCAACAGCTAGAGCAGTTCAGCCAGTGCTCGAGTTTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaacttccttattggaacttgtaatttatctgggctatggtgaatgaaatatgcaggttaaacattgttaatctaattctagatttcaagacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG