Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTATTGGAAGCAACAGCTAGAGCAGTTCAGCCAGTGCTCGAGTTTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaacttccttattggaacttgtaatttatctgggctatggtgaatgaaatatgcaggttaaacattgttaatctaattctagatttcaagacaa...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G36600.1
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G36600.2 (Glycine max), 5'ss of exon 14
lower sequence: Vv18s0157g00020.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 15
CTATTGGAAGCAACAGCTAGAGCAGTTCAGCCAGTGCTCGAGTTTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaacttccttattgga-acttgtaattt-----atctgggctatggtg-aatgaaatatgcaggt-taaacattgttaatctaattctagatttcaagacaa
||  ||||||||||||||||||||||||| |  || || || |  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |     || ||||  | || |    | |     || ||     ||        ||| |  ||     | ||| |   || || ||  |||   ||       
CTTCTGGAAGCAACAGCTAGAGCAGTTCAACTTGTACTGGAATGGGGAGAATCTGGATTGGCTGTTGCAGATGGCCTTTCAAACCTGTTAAAGgtaaaaattgccccctattaaatacattcggtctggtgaatttgaagcctgaaacggaaaaacacacacacacacacactac-aaactcatcgtaggagtc-------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193628295|gb|FK576783.1|FK576783
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|11689078|gb|BF596754.1|BF596754
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|7458573|gb|AW666023.1|AW666023
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTNTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|15285751|gb|BI469642.1|BI469642
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|22541757|gb|BU091600.1|BU091600
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|19346261|gb|BM891141.1|BM891141
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|151406577|gb|EV276392.1|EV276392
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|7326803|gb|AW620601.1|AW620601
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|9259983|gb|BE348130.1|BE348130
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|20449593|gb|BQ253717.1|BQ253717
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|31457075|gb|CD399103.1|CD399103
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|14205294|gb|BG838972.1|BG838972
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTTTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|27424288|gb|CA935808.1|CA935808
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|21602771|gb|BQ613102.1|BQ613102
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|18732701|gb|BM527196.1|BM527196
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|208186103|gb|GD985878.1|GD985878
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|208313707|gb|GE113001.1|GE113001
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|22524291|gb|BU083102.1|BU083102
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|13480049|gb|BG509392.1|BG509392
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|20812788|gb|BQ297266.1|BQ297266
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|18732630|gb|BM527150.1|BM527150
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|22523414|gb|BU082225.1|BU082225
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|207679548|gb|GD662168.1|GD662168
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|10234461|gb|BE803349.1|BE803349
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|22523608|gb|BU082419.1|BU082419
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
EST: gi|8401808|gb|BE057442.1|BE057442
EST:     TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAG                         TGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC
genomic: TTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaac ... ccacatgcagTGTCGCCTCTCAGCTACAATTAGATGTCTTTCTCATCCAAGTGCACATGTC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTATTGGAAGCAACAGCTAGAGCAGTTCAGCCAGTGCTCGAGTTTGGAGAATCTGGATTGGCTGTGGCAGATGGCCTTTCAAACCTTTTAAAGgtgaacaaacttccttattggaacttgtaatttatctgggctatggtgaatgaaatatgcaggttaaacattgttaatctaattctagatttcaagacaa

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG