Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TAAATCTTGCTCAGCATCTATCAACATTCACATCAAAGCCTTCATTTCTTGGGCAACTTGATATGGAACATACAATTGTAGAGGCCCAGAGTTATGATATgtgagttaattttgcatacagagagttttatatacttgatggtatatttaatgtctctctctctatatgacttaagtaggtcctgatatcctgtgttttg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G35210.2
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G35210.2 (Glycine max), 5'ss of exon 14
lower sequence: Vv13s0019g04720.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 14
TAAATCTTGCTCAGCATCTATCAACATTCACATCAAAGCCTTCATTTCTTGGGCAACTTGATATGGAACATACAATTGTAGAGGCCCAGAGTTATGATATgtgagttaattttgcatacagagagttttatatacttgatggtatatttaatgtctctctctctatatgacttaagtaggtcctgatatcctgtgttttg---------
||||||||||||||||||| ||  | || ||||||||||| || |||||||| | |||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||  |         || | | | ||   |       |   | |||||||| ||    || || | || ||      ||  | |||||           
TAAATCTTGCTCAGCATCTGTCTGCCTTTACATCAAAGCCATCCTTTCTTGGACGACTTGACATGGAACACACAATTGTAGAGGCTCAGAGTTATGATATgtaagttaaatttatac--------ttctctct-ctcattctctctctctctctctctctcacttggagaatttaatatgtgagatgattatatgtttctcatactcaa
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298183650|gb|HO028863.1|HO028863
EST:     GGCCCAGAGTTATGATAT                         ATGCTTTGAGTATATTGAAGAACTGATCCATAAGCAGGAGCCTTTGACAAC
genomic: GGCCCAGAGTTATGATATgtgagttaat ... atatatgcagATGCTTTGAGTATATTGAAGAACTGATCCATAAGCAGGAGCCTTTGACAAC
EST: gi|208058024|gb|GD859357.1|GD859357
EST:     GGGCAACTTGATATGGAACATACAATTGTAGAGGCCCAGAGTTATGATAT                         ATGCTTTGAGTATATTGAAGAACTGATCCATAAGCAGGAGCCTTTGACAAC
genomic: GGGCAACTTGATATGGAACATACAATTGTAGAGGCCCAGAGTTATGATATgtgagttaat ... atatatgcagATGCTTTGAGTATATTGAAGAACTGATCCATAAGCAGGAGCCTTTGACAAC