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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTGCTTAATCGTGGCCCTTGGAAAATATCAATTACAGCCAACTGGGATGACATTGGTATTCCACCAAAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAGgtattgtattcggattcattcaatcttttgtttttgtactctttcttgcatgctttgtaactatgttttcatcacaattttgttggatacttgtgctataacttaaggtatctgctaatgcatgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G40990.1
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193429551|gb|FK393589.1|FK393589
EST:     ACATTGGTATTCCNCCAAAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAG                         CACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
genomic: ACATTGGTATTCCACCAAAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAGgtattgtatt ... atgcatgcagCACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
EST: gi|207792913|gb|GD765127.1|GD765127
EST:     GAGACCTTTGGGAG                         CACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
genomic: GAGACCTTTGGGAGgtattgtatt ... atgcatgcagCACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
EST: gi|208079899|gb|GD876241.1|GD876241
EST:     ACATTGGTATTCCACCAAAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAG                         CACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
genomic: ACATTGGTATTCCACCAAAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAGgtattgtatt ... atgcatgcagCACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
EST: gi|193651035|gb|FK598930.1|FK598930
EST:     ACATTGGTATTCCACCAAAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAG                         CACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
genomic: ACATTGGTATTCCACCAAAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAGgtattgtatt ... atgcatgcagCACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
EST: gi|193310893|gb|FK277617.1|FK277617
EST:     ACATTGGTATTCCACCAAAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAG                         CACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
genomic: ACATTGGTATTCCACCAAAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAGgtattgtatt ... atgcatgcagCACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
EST: gi|208217381|gb|GE009813.1|GE009813
EST:     ACATTGGTATTCCACCAAAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAG                         CACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
genomic: ACATTGGTATTCCACCAAAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAGgtattgtatt ... atgcatgcagCACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
EST: gi|31458286|gb|CD400314.1|CD400314
EST:     ACATTGGTATTCCACCAAAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAG                         CACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
genomic: ACATTGGTATTCCACCAAAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAGgtattgtatt ... atgcatgcagCACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
EST: gi|208037417|gb|GD835318.1|GD835318
EST:     ACATTGGTATTCCACCAAAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAG                         CACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
genomic: ACATTGGTATTCCACCAAAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAGgtattgtatt ... atgcatgcagCACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
EST: gi|213600126|gb|DB976043.1|DB976043
EST:     ACATTGGTATTCCACCAAAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAG                         CACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
genomic: ACATTGGTATTCCACCAAAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAGgtattgtatt ... atgcatgcagCACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
EST: gi|208337311|gb|GE133083.1|GE133083
EST:     ACATTGGTATTCCACCAAAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAG                         CACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
genomic: ACATTGGTATTCCACCAAAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAGgtattgtatt ... atgcatgcagCACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
EST: gi|193450866|gb|FK415226.1|FK415226
EST:     ACCTTTGGGAG                         CACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
genomic: ACCTTTGGGAGgtattgtatt ... atgcatgcagCACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
EST: gi|193314393|gb|FK280152.1|FK280152
EST:     ACATTGGTATTCCACCAAAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAG                         CACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
genomic: ACATTGGTATTCCACCAAAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAGgtattgtatt ... atgcatgcagCACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
EST: gi|214010067|gb|DB989439.1|DB989439
EST:     ACATTGGTATTCCACCAAAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAG                         CACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
genomic: ACATTGGTATTCCACCAAAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAGgtattgtatt ... atgcatgcagCACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
EST: gi|208199144|gb|GD999035.1|GD999035
EST:     ACATTGGTA-TCCACC-AAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAG                         CACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
genomic: ACATTGGTATTCCACCAAAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAGgtattgtatt ... atgcatgcagCACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
EST: gi|193555723|gb|FK513270.1|FK513270
EST:     ACATTGGTATTCCACCAAAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAG                         CACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
genomic: ACATTGGTATTCCACCAAAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAGgtattgtatt ... atgcatgcagCACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
EST: gi|10255714|gb|BE823529.1|BE823529
EST:     ACATTGGTATTCCACCAAAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAG                         CACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
genomic: ACATTGGTATTCCACCAAAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAGgtattgtatt ... atgcatgcagCACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
EST: gi|193417939|gb|FK382217.1|FK382217
EST:     ACATTGGTATTCCACCAAAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAG                         CACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT
genomic: ACATTGGTATTCCACCAAAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAGgtattgtatt ... atgcatgcagCACAAGACATTGATGAGACCCTTCGTGGATAAATTGACTGCCACAGTTGAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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CTTGCTTAATCGTGGCCCTTGGAAAATATCAATTACAGCCAACTGGGATGACATTGGTATTCCACCAAAAAGTGCTGTTGAAGCTAGAGACCTTTGGGAGgtattgtattcggattcattcaatcttttgtttttgtactctttcttgcatgctttgtaactatgttttcatcacaattttgttggatacttgtgctataacttaaggtatctgctaatgcatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC