Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TAAAGATAAACTTGAAGACAAGCTTGTCACTGTTGAAGACATAGTTCGCCAGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgatacaatcgcattttctcctactttgttataattggttttgaaaatcagttagtgacctcaatttttttttccttaaag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G34790.1
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G34790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os03g50480.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 14
TAAAGATAAACTTGAAG---ACAAGCTTGTCACTGTTGAAGACATAGTTCGCCAGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca-----atcgcattttctcctactttgttataattggttttgaaaatcagttagtgacctcaatttttttttccttaaag
    || || |||| ||   | |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||   ||||     ||   || | |   ||  |   | ||  |   ||||  ||   | ||   |   || |||||| ||||| ||  
---GGACAACCTTGGAGGCGATAAGCTTGTTACTGTTGAAGATATTGTTCGCCAGCACTGGGGTACTTATGGTCGCCATTATTATACACGATATGACTATGAGgtactttacacaaatattcaatgtacatttatgtgtatgtatatacatttggcaacatgctaaccatgccatttttttcttcctgaag-

upper sequence: GLYMA05G34790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 14
lower sequence: GRMZM2G023289_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 14
TAAAGATAAACTTGAAG---ACAAGCTTGTCACTGTTGAAGACATAGTTCGCCAGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatg---atacaatcgcat-tttctcctactttgttataattggttttgaaaatcagttagtg-acctcaatttttttttccttaaag
    || || |||| ||   | |||||||||||||||||||| || || || ||||||||||| || ||||| ||||||||||| || || ||||||||||| |||      |    || ||| |  ||   |  |   ||  |   ||||   | ||   | | |  |  |  |||  ||| |   | |||
---GGACAACCTTGGAGGAGATAAGCTTGTCACTGTTGAAGATATTGTCCGTCAGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctttttttcacatgtgccttgcatatatgtaccacatgtttcagatatatatcattctaaatacattagtttgtttgtgaag

upper sequence: GLYMA05G34790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 14
lower sequence: GRMZM2G109383_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 14
TAAAGATAAACTTGAAG---ACAAGCTTGTCACTGTTGAAGACATAGTTCGCCAGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgta--tgatacaatcgcattttctcctactttgt---tataattggttttgaaaatcagt-tagtgacctcaatttttttttccttaaag
    || || |||| ||   | |||||||||||||||||||| || || || ||||| ||||| || ||||| |||||||| || || || ||||||||||| |||  |  |    |   |  | | |||    | |   ||  |   ||||   | |||| | ||    |   | |||||||||   | |||
---GGACAACCTTGGAGGAGATAAGCTTGTCACTGTTGAAGATATTGTCCGTCAGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttccttttttttgacatgccccttgcatatatgtaccacctgtttaagatatcattctaaatgcacaagtttttttttttgtgaag

upper sequence: GLYMA05G34790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 14
lower sequence: AT1G23190.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 14
TAAAGATAAACT-TGAAGACAAGCTTGTCACTGTTGAAGACATAGTTCGCCAGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatga--tac-aatcgcattttctcctactttgttataattggttttgaaaatcagt-----tagtgacctcaatttttttttccttaaag
 ||| ||  ||  | | |  || || ||  | ||||||||||| || ||||||||||||||||| || || || || ||||| ||||| || |||||||| |||  |  | | ||      |   |   | | |   ||| ||   |   | || ||||     || |||| ||      ||| ||  |||||
-AAATATTGACGGTAACGCTAAACTGGTGTCAGTTGAAGACATTGTCCGCCAGCATTGGGCTACCTACGGTCGTCACTATTACACTCGTTACGACTATGAGgtaaaagttgctaagtttggtgattgtaattataccata-ttatatggaagaaacagtacccttactgacatctcaaaatttgtctctaaag

upper sequence: GLYMA05G34790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 14
lower sequence: AT1G70730.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 14
TAAAGATAAACTTGAAGACAAG-CTTGTCACTGTTGAAGACATAGTTCGCCAGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgat--acaatcgcattttctcctactttgttataattggttttgaaaatcagtt---agtgacctc-aatttttttttccttaaag
 ||   |  |   |||  |||  || || || ||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| || || ||||| |||||||| |||||||| |||  |   ||||  |   ||  |  |  |     |||  | |  |    ||| |  |   |   |  || || | |||  ||| ||   
-AACCCTTGATGGGAATGCAAAACTGGTGACGGTTGAAGACATTGTCCGCCAGCACTGGGCTACATATGGCCGTCACTATTACACTCGATACGACTATGAGgtaaaactgacaaatgtcattattggttgtagacaatatgtagaataaccaattacctttgaccaatttctaaatatttgctccatag--

upper sequence: GLYMA05G34790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 14
lower sequence: Vv01s0011g05370.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 15
TAAAGATAAACTTGAAGACAAGCTTGTCACTGTTGAAGACATAGTTCGCCAGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgatacaatcgcattttctcctactttgttataattggttttgaaa-atcagttagtgacctcaatttttttttccttaaag
  || |      || ||  |||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| | |  | |  | |  |  | |   | ||    | ||| |  |||  |||      |||| || ||    ||| |||
GGAAAACCTTGGTGGAGCAAAGCTTGTTACTGTTGAAGAAATAGTTCGCAATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAGgtatgatatact-acctaattttttgttctagcaaaaagaatcttggagtatcttttaactggttcaaattatt----cttgaag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6567274|gb|AW234885.1|AW234885
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|12774378|gb|BG239305.1|BG239305
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|17519099|gb|BM188141.1|BM188141
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|254347114|gb|GR856784.1|GR856784
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|7591524|gb|AW707255.1|AW707255
EST:     CTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: CTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|9899559|gb|BE608527.1|BE608527
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AACGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|27426004|gb|CA937524.1|CA937524
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAAGTGCAGCAAAGGAACTGATG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATG
EST: gi|193509445|gb|FK466657.1|FK466657
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|8283645|gb|BE021204.1|BE021204
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|12772584|gb|BG237575.1|BG237575
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|208260032|gb|GE057626.1|GE057626
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|10844065|gb|BF067402.1|BF067402
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AACGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|23727044|gb|BU761537.1|BU761537
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AACGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|57575048|gb|CX548023.1|CX548023
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|58017013|gb|CX703755.1|CX703755
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|15812958|gb|BI785233.1|BI785233
EST:     CTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: CTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|10232504|gb|BE801392.1|BE801392
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|13312878|gb|BG406529.1|BG406529
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AACGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|21600532|gb|BQ610863.1|BQ610863
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|208146838|gb|GD948859.1|GD948859
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AACGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|10256335|gb|BE824101.1|BE824101
EST:     AGCATTGGGCTANNTATGGGCNNCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGNATGCAGGTNNAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|193518365|gb|FK476650.1|FK476650
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGC
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGC
EST: gi|27423809|gb|CA935329.1|CA935329
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
EST: gi|7458620|gb|AW666070.1|AW666070
EST:     AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAA                         AATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG
genomic: AGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatgataca ... ttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTG