Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGCATTATCAGTTTATTTGGAGTACCTTGCTACAACTTTAGGATCTCGAGAGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTATTAATCATTCCTAAGgtaagttacaagctaaattaatggcttaaggtttggatcttctgcttattttacaactaactagggtggttgggcctagttgaacacatggtataaagtt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G29870.1
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G29870.1 (Glycine max), 5'ss of exon 14
lower sequence: GRMZM2G039263_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 14
AGCATTATCAGTTTATTTGGAGTACCTTGCTACAACTTTAGGATCTCGAGAGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTATTAATCATTCCTAAGgtaagttacaagctaaattaatggcttaaggtttggatcttctgcttattttacaactaactagggtggttgggcctagttgaacacatggtataaagtt
 ||  | ||||||||| ||||| ||||||| |||||  | || ||||| || || ||||| || || ||||||||||||||| | |||||||| || |||||   | |   | |  |||  |  |||   ||||   | || |    | |  |||    | |    ||    | |||   ||  |  |  |         
TGCGCTGTCAGTTTATCTGGAGAACCTTGCAACAACCCTGGGTTCTCGGGAACAATTGGCAATTGCTGAATTTGCTGAGTCTTTGTTAATCATACCAAAGgttt-tgatctgttctatt--ttacttgtagttttacttttttcgcaaatcaacatagcattttaatgacctgacct---tgcgcctacag---------

upper sequence: GLYMA05G29870.1 (Glycine max), 5'ss of exon 14
lower sequence: Vv15s0021g02230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 14
AGCATTATCAGTTTATTTGGAGTACCTTGCTACAACTTTAGGATCTCGAGAGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTATTAATCATTCCTAAGgtaagttacaagct--aaattaatggcttaaggtttggatcttctgcttattttacaactaactagggtggttgggcctagttgaacacatggtataaagtt
 || ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||| || |||| || || |||||    |  || ||   | |  |||  |  |  | |   || |||| | || ||     |    |   |  |||    |||| | |    |    |  ||  
TGCTTTATCTGTGTATTTGGAGTACCTTGCAACAACTTTAGGATCCCGAGAGCAGTTGGCAATTGCAGAATTTGCTGAATCTTTACTAATAATACCGAAGgttctgtttaatctttgagtgcatga-tacacatgttcttcatctgatcatcttcagttttgagaattttattgaagttagtggcatgtgtctgctgcag--
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7589251|gb|AW705029.1|AW705029
EST:     AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTATTAATCATTCCTAAG                         GTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTGGCAAAATTA
genomic: AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTATTAATCATTCCTAAGgtaagttaca ... actggtgcagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTGGCAAAATTA
EST: gi|57575315|gb|CX548290.1|CX548290
EST:     AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTATTAATCATTCCTAAG                         GTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTGGCAAAATTA
genomic: AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTATTAATCATTCCTAAGgtaagttaca ... actggtgcagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTGGCAAAATTA
EST: gi|26045589|gb|CA783128.1|CA783128
EST:     AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTATTAATCATTCCTAAA                         GTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTG
genomic: AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTATTAATCATTCCTAAGgtaagttaca ... actggtgcagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTG
EST: gi|13482485|gb|BG511828.1|BG511828
EST:     AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTATTAATCATTCCTAAG                         GTGCTTTCTGCTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTGGCAAAATTA
genomic: AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTATTAATCATTCCTAAGgtaagttaca ... actggtgcagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTGGCAAAATTA
EST: gi|57575079|gb|CX548054.1|CX548054
EST:     AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTATTAATCATTCCTAAG                         GTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTGGCAAAATTA
genomic: AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTATTAATCATTCCTAAGgtaagttaca ... actggtgcagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTGGCAAAATTA
EST: gi|22932667|gb|BU549806.1|BU549806
EST:     AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTATTAATCATTCCTAAG                         GTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTGGCAAAATTA
genomic: AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTATTAATCATTCCTAAGgtaagttaca ... actggtgcagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTGGCAAAATTA
EST: gi|24136371|gb|BU926881.1|BU926881
EST:     AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTATTAATCATTCCTAAG                         GGGGTTTCTGGTAATGCTGCT
genomic: AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTATTAATCATTCCTAAGgtaagttaca ... actggtgcagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCT
EST: gi|58018371|gb|CX705113.1|CX705113
EST:     AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTATTAATCATTCCTAAG                         GTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTGGCAAAATTA
genomic: AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTATTAATCATTCCTAAGgtaagttaca ... actggtgcagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTGGCAAAATTA
EST: gi|20448998|gb|BQ253122.1|BQ253122
EST:     AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTATTAATCATTCCTAAG                         GTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTGGCAAAATTA
genomic: AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTATTAATCATTCCTAAGgtaagttaca ... actggtgcagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTGGCAAAATTA
EST: gi|58016681|gb|CX703423.1|CX703423
EST:     AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTATTAATCATTCCTAAG                         GTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTGGCAAAATTA
genomic: AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTATTAATCATTCCTAAGgtaagttaca ... actggtgcagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTGGCAAAATTA
EST: gi|298170514|gb|HO019138.1|HO019138
EST:     AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTATTAATCATTCCTAAG                         GTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTGGCAAAATTA
genomic: AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTATTAATCATTCCTAAGgtaagttaca ... actggtgcagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTGGCAAAATTA
EST: gi|58016928|gb|CX703670.1|CX703670
EST:     AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTATTAATCATTCCTAAG                         GTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTGGCAAAATTA
genomic: AGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTATTAATCATTCCTAAGgtaagttaca ... actggtgcagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTGGCAAAATTA
EST: gi|254334340|gb|GR844125.1|GR844125
EST:     AGTTGGCTATAGCAGAA-TTGCTGAGTCTCTATTAATCATTCCTAAG                         GTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTGGCAAAATTA
genomic: AGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTATTAATCATTCCTAAGgtaagttaca ... actggtgcagGTGCTTTCTGTTAATGCTGCTAAGGATGCCACTGAGCTGGTGGCAAAATTA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGCATTATCAGTTTATTTGGAGTACCTTGCTACAACTTTAGGATCTCGAGAGCAGTTGGCTATAGCAGAATTTGCTGAGTCTCTATTAATCATTCCTAAGgtaagttacaagctaaattaatggcttaaggtttggatcttctgcttattttacaactaactagggtggttgggcctagttgaacacatggtataaagtt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agggtgg