Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttcttatgattttacctggaaatttcttttatatatttttcttctttgagttttggtctagcctagccttattgtgcactatgttcttttctgtg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G27460.2
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|51337485|gb|CO981351.1|CO981351
EST:     GTTAATGCCAATGATAGGAG                         GTGGAACCCAGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
genomic: GTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcattagGTGGAACCCAGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
EST: gi|6134767|gb|AW133160.1|AW133160
EST:     ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG                         GTGGAACCCAGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
genomic: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcattagGTGGAACCCAGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
EST: gi|19348102|gb|BM892634.1|BM892634
EST:     ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG                         GTGGAACCCAGATGCAATTGTATTCA
genomic: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcattagGTGGAACCCAGATGCAATTGTATTCA
EST: gi|9899023|gb|BE607991.1|BE607991
EST:     ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG                         GTGGAACCCAGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
genomic: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcattagGTGGAACCCAGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
EST: gi|298166525|gb|HO009964.1|HO009964
EST:     ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGAGAGGAG                         GTGGAACCCAGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
genomic: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcattagGTGGAACCCAGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
EST: gi|9899207|gb|BE608105.1|BE608105
EST:     ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG                         GTGGAACCCAGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
genomic: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcattagGTGGAACCCAGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
EST: gi|22523744|gb|BU082555.1|BU082555
EST:     ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG                         GTGGAACCCAGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
genomic: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcattagGTGGAACCCAGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
EST: gi|51335508|gb|CO979374.1|CO979374
EST:     ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG                         GTGGAACCCAGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
genomic: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcattagGTGGAACCCAGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
EST: gi|10710450|gb|BF010168.1|BF010168
EST:     GTTAATGCCAATGATAGGAG                         GTGGAACCCAGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
genomic: GTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcattagGTGGAACCCAGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
EST: gi|27424547|gb|CA936067.1|CA936067
EST:     ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG                         GTGGAACCCAGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC
genomic: ATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAGgtaatttctt ... ctgtcattagGTGGAACCCAGATGCAATTGTATTCAACTCCTTTCAGCTCTATGGAACTCC