Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATCAAGAGgtgagttgaatttggaacacaacaatggctttgtctctagtgtcagatgaacaatacatgatcattcacaggtaaccctctttggacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G44820.1
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208026787|gb|GD822987.1|GD822987
EST:     ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAA-GGTTAGGATGGAAGGTGATCAAGAG                         ATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
genomic: ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATCAAGAGgtgagttgaa ... ctttggacagATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
EST: gi|51335838|gb|CO979704.1|CO979704
EST:     ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATCAAGAG                         ATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
genomic: ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATCAAGAGgtgagttgaa ... ctttggacagATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
EST: gi|207751779|gb|GD723996.1|GD723996
EST:     ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATCAAGAG                         ATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAG
genomic: ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATCAAGAGgtgagttgaa ... ctttggacagATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAG
EST: gi|193378399|gb|FK345090.1|FK345090
EST:     GTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATCAAGAG                         ATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
genomic: GTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATCAAGAGgtgagttgaa ... ctttggacagATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
EST: gi|192330118|gb|FK019773.1|FK019773
EST:     ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATCAAGAG                         ATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAA
genomic: ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATCAAGAGgtgagttgaa ... ctttggacagATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGG-TAGCTGTTGTCTTGCTTAA
EST: gi|208198385|gb|GD995476.1|GD995476
EST:     ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATCAAGAG                         AATTTAGGGCAGGTCCTCTTTC
genomic: ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATCAAGAGgtgagttgaa ... ctttggacagA-TTT-GGGCAGGTCCTCTTTC
EST: gi|193652033|gb|FK594209.1|FK594209
EST:     AGGATGGAAGGTGATCAAGAG                         ATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
genomic: AGGATGGAAGGTGATCAAGAGgtgagttgaa ... ctttggacagATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
EST: gi|31309897|gb|CD395100.1|CD395100
EST:     ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATCAAGAG                         ATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
genomic: ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATCAAGAGgtgagttgaa ... ctttggacagATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
EST: gi|13312579|gb|BG406230.1|BG406230
EST:     ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATCAAGAG                         ATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
genomic: ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATCAAGAGgtgagttgaa ... ctttggacagATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
EST: gi|208179640|gb|GD973615.1|GD973615
EST:     TAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATCAAGAG                         ATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
genomic: TAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATCAAGAGgtgagttgaa ... ctttggacagATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
EST: gi|193535806|gb|FK492224.1|FK492224
EST:     GTTAGGATGGAAGGTGTATCAAGAG                         ATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAA
genomic: GTTAGGATGGAAGGTG-ATCAAGAGgtgagttgaa ... ctttggacagATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAA
EST: gi|193301284|gb|FK266401.1|FK266401
EST:     ATCCACTTGGTGTACAAGGT-AAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATCAAGAG                         ATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTT
genomic: ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATCAAGAGgtgagttgaa ... ctttggacagATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTT
EST: gi|193495866|gb|FK458558.1|FK458558
EST:     ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATCAAGAG                         ATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
genomic: ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATCAAGAGgtgagttgaa ... ctttggacagATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
EST: gi|151401278|gb|EV271092.1|EV271092
EST:     GGTGATCAAGAG                         ATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
genomic: GGTGATCAAGAGgtgagttgaa ... ctttggacagATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
EST: gi|193490814|gb|FK455939.1|FK455939
EST:     TTCCACTTGGTGTACAAGGT-AAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATCAAGAG                         ATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCT
genomic: -TCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATCAAGAGgtgagttgaa ... ctttggacagATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATCAAGAGgtgagttgaatttggaacacaacaatggctttgtctctagtgtcagatgaacaatacatgatcattcacaggtaaccctctttggacag

- - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG