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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGATCACGAAGGTGGCAATGTTAGTTCACACACAGCCCACCTAgtaagttacttcctttaatcaagccctttccattctgtcataatttagaattgtaaaacattaaaaaggattttttaatatatattgtggtaaaggcctgtgtttttattatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatattaatgtattgtactgtgtgttcccgtcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G42300.2
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151408594|gb|EV278402.1|EV278402
EST:     TGATCACGAAG-TGGCAATGTTAGTTCACACACAGCCCACCTA                         GTTGCTAGTCCGCTATCAGATCCTTATCTTGCATTTGCAGCTGCTTTGAAT
genomic: TGATCACGAAGGTGGCAATGTTAGTTCACACACAGCCCACCTAgtaagttact ... ttcccgtcagGTTGCTAGTCCGCTATCAGATCCTTATCTTGCATTTGCAGCTGCTTTGAAT
EST: gi|10847452|gb|BF070139.1|BF070139
EST:     TGATCACGAAGGTGGCAATGTTAGTTCACACACAGCCCACCTA                         GTTGCTAGTCCGCTATCAGATCCTTATCTTGCATTTGCAGCTGCTTTGAAT
genomic: TGATCACGAAGGTGGCAATGTTAGTTCACACACAGCCCACCTAgtaagttact ... ttcccgtcagGTTGCTAGTCCGCTATCAGATCCTTATCTTGCATTTGCAGCTGCTTTGAAT
EST: gi|8825797|gb|BE209527.1|BE209527
EST:     TGATCACGAAGGTGGCAATGTTAGTTCACACACAGCCCACCTA                         GTTGCTAGTCCGCTATCAGATCCTTATCTTGCATTTGCAGCTGCTTTGAAT
genomic: TGATCACGAAGGTGGCAATGTTAGTTCACACACAGCCCACCTAgtaagttact ... ttcccgtcagGTTGCTAGTCCGCTATCAGATCCTTATCTTGCATTTGCAGCTGCTTTGAAT